2005年12月，中国医科大学为响应“振兴东北老工业基地”的伟大号召，根据社会和教学、科研及学科发展的实际需要恢复成立了药学院。建院以来，在党和政府的重视和关怀下，在中国医科大学大力扶植下，确立了以药学学科整体建设为基础、以临床药学为特色的发展方向。学院内涵建设健康发展、综合能力逐步提升，为培养高层次、高素质和高水平的医药学人才做出了卓越的贡献。
我校药学学科1940年创建于延安，其中药理学科于1978年获首批硕士学位授权学科，于1993年获东北三省第一个博士学位授权学科。学院现有药学博士后科研流动站、药学一级学科博士学位授权点、药学一级学科硕士学位授权点（下设药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学6个二级学科授权点）和药学专业学位硕士学位授权点，其中选药理学科为辽宁省重点学科。2017年，药学一级学科入选“辽宁省一流学科”。
学院下设药物化学、天然药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药理学、药物毒理学等9个专业教研室，天然药物、生物制药、合成药物与仿生药物、神经内分泌药理、离子通道药理、中药药理等6个研究室（实验室），在三个附属综合性医院设有3个临床药学教研室，另有有1个省级实验教学示范中心-临床药学实验教学中心、1个省级虚拟仿真实验教学中心-临床药学虚拟仿真实验教学中心、1个省级大学生创新创业教育基地—辽临床药学创新创业教育基地、1个省级研究生实践基地—药学医药协同与创新实训规范化培训基地、1个生物制药研究所，另外还设有党政办公室、人才培养与学科科研管理办公室、学生工作办公室（共青团中国医科大学药学院委员会）3个行政科室。
学院师资力量雄厚。现有教职工100余人，其中具有高级职称的占37%，具有博士学位的占66%；有博士生导师9人，硕士生导师18人；3人享受国务院政府特殊津贴，1人荣获中组部国家“万人计划”国家级教学名师称号，1人荣获全国优秀教师称号，5人入选辽宁省百千万人才工程，3人获聘辽宁省特聘教授，1人当选辽宁省优秀专家称号， 1人荣获辽宁省教学名师称号，1人荣获辽宁省攀登学者称号。另有10余人次分别在中华医学会、中国药理学会、中国发明协会及省、市学会中担任正、副主任委员或常务委员等职务，在国内外享有较高声誉。
学院学术氛围浓厚，科研工作深入扎实。在药理与毒理学、临床药学、药物新剂型设计与评价、药物代谢和药物动力学、创新药物的合成与筛选、中药与天然药物药效物质基础和质量标准等领域的研究工作不断深入。目前建有国家中医药管理局批准的中医药科研三级实验室2个，二级实验室3个；辽宁省分子靶向抗肿瘤药物药理学研究与评价重点实验室 1个；辽宁省教育厅高等学校创新团队1个。 另外还成立了“中国医科大学创新药物与精准医学国际研究中心”，与美国芝加哥大学、美国科罗拉多大学、美国宾夕法尼亚州立大学、美国辛辛那提大学、美国梅奥医学中心、美国德州大学等国内外顶尖专家合作，在逆转肿瘤免疫逃逸的抗肿瘤新靶点以及研发靶向个性化新药等方面进行深度合作。
学院获得国家科技成果奖2项，省、部级科技成果奖10余项，获得日内瓦国际发明奖、教育部、中国高校、辽宁省、沈阳市等各级奖10余项；获得国家新药证书2本，发明专利5项；获得国家级科研项目70余项、省部级科研项目90余项、国际合作与资助项目10余项，获得科研总经费近4000万元；以第一作者或通讯作者身份发表各类研究论文400余篇，被国外SCIE源期刊收录160余篇；出版著作20余部。培养博、硕士研究生近300人。
走产学研一体化道路是学院发展的重要方向，在科研工作中抓好应用基础研究，抓知识产权，出成果，出效益，出人材。以科研促产品，以产品养科研。立足国际前沿，充分发挥医学、药学学科齐全的优势，通过学科群建设，促进了学科的交叉、渗透，显著提高了科技攻关和科技创新能力。目前，我院在与沈阳泗水科技城共建“药学检测评价中心”、与广东合鑫药业股份有限公司共建“个体化治疗中心”等广泛合作基础上，已经被辽宁省教育厅批准为“第三批辽宁省高等学校对接产业集群协同创新基地”，旨在与西丰医药保健品产业集群合作，开展“鹿产品”等特色资源保健品研发与深加工。 另外，我院还成立了“中国医科大学药品食品检验检测中心”，旨在为辽宁省内企业提供药品、生物样品、保健（功能）食品及化妆品等检验检测服务，服务辽宁地方经济。
学院积极开展国内外学术交流与合作，先后与美国、日本、加拿大、德国、英国、香港等多个国家和地区的10余所著名大学和科研院所建立了校际合作余交流关系，聘任工程院丁健院士为我校荣誉教授，聘任20余名国内外专家为客座教授，每年邀请国外专家来学院讲学和举办国际性学术会议10余次。
学院面向教育国际化和科学技术迅猛发展的趋势，面对医药经济发展对高等药学教育的新要求，不断深化教学改革，努力提高硬件设施和人才培养质量。现承担研究生、七年制、国际医学班、普通班等多层次教学任务，共开设药学基础课程14门，选修课程4门，开展国家级和省级继续教育项目4项。学院药学实验教学中心为省级实验教学示范中心，建筑面积约6400余平方米，拥有近3000万元的教学科研设备和仪器，另有门类齐全的常规药学实验设备及气相质谱联用仪等大型分析仪器，保证了药学各层次在校学生1000余人的实验课教学和科研工作顺利开展。学院于2016年获批辽宁省大学生创新创业实践教育基地。
学院在日常教学活动中积极开展整合教学和PBL教学模式，挖掘学生自主学习潜力。经多年沉淀，目前已承担各类教学研究课题20余项，获省教育厅高等教育成果奖3项。临床药学专业被评为辽宁省高等学校重点支持专业，并在武汉大学中国科学评价中心发布的中国大学本科教育分专业排行榜中，在全部开设此专业的院校连续4年排名第一。《药理学》课程于2005年被评为辽宁省精品课程，2008年被评为网络教育的国家级精品课程，2012年被评为国家级网络资源精品课程；另外，《药剂学》、《药物动力学》于2014年，《生药学》于2015年分别获批省级精品资源共享课程。30余名教师参与国家级教材的编写工作，其中主编的《药理学》、《药物化学》、《药剂学》、《生药学》、《临床医学概论》为中国医药科技出版社“十三五国家级规划教材”，《临床药理学》为教育部和卫生部“普通高等教育十一五、十二五国家级规划教材”，主编的《药物化学》和《药物毒理学》为“十二五国家级规划教材”，另外还作为副主编参编教材10余本。我院也作为主编单位，完成了成人教育的药学系列教材的主编工作。 在全院的共同努力下，学院获批辽宁省教育系统先进集体。
学院高度重视学生综合素质的培养，通过5年的系统本科教学，使学生在毕业时具备良好的敬业精神和较宽的知识面，以能力强和素质高赢得社会的好评和欢迎。已经毕业的各届本科生中留校和读研的占近40%，其余毕业生也顺利的找到了自己理想的工作单位，就业率稳居100%。
当前，药学院全体教职工认真学习和贯彻党的十九大精神，落实国家“双一流建设”和“振兴东北等老工业基地”战略，完善人才强校、强院机制，着力增强我院的整体水平、综合实力及核心竞争力，以求学科发展、抓住新机遇、迎接新挑战、构筑新优势、赢得新发展，创造新辉煌。为把我院建设成为多学科协调发展，教学质量和科研水平居于东北地区先进行列，持立足辽宁、面向全国的药学院而努力奋斗。