工业工程是一门工程技术与管理技术相结合的综合性交叉学科，该专业主要开设基础工业工程、机械工程基础、管理学原理、统计学原理、系统工程学、管理运筹学、生产计划与控制、生产系统建模与仿真、人因工程、质量工程、工程经济学等课程，授予工学学士学位。目前，工业工程专业作为我校管理科学与工程类的主干专业，是淮阴工学院重点建设学科之一。该专业秉承“立足苏北，融入长三角，服务全国，培养具有创新精神的高素质应用型人才”的办学定位，以服务需求为导向、强化专业应用能力为主线、深化教学改革为动力、提高质量为核心，高度重视实践教学，增强实践教学在人才培养中的重要作用，培养具备现代工业工程和系统管理等方面的知识、素质和能力，具备生产系统规划与设计、生产系统评价与优化、生产系统组织与实施等基本能力，能为事业单位、工商企业和复杂产品制造行业培养能够从事现代工程管理、生产与运作管理和质量管理等方向的高素质工程技术应用型人才。
工业工程系成立于2012年，现有专任教师12名，其中教授（包括教授级高级工程师）2人，副教授4人，博士7人，硕士5人，具有研究生学位以上教师占比为83.3%，高级职称教师占专任教师的比例为56%。专业教师中具有工业工程师和国际项目管理师资格等各类执业资格/职业资格/双师型资格认证10人次，1名教师入选江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人培养对象。近五年来，申报发明专利40余项，已获批8项。完成教学改革项目8项，编写教材3部，出版专著4部，2门课程被评为校级精品课程。教师承担国家自然科学基金、国家社会科学基金、教育部人文社会科学基金等纵向科研项目7项，横向项目18项。
目前，本专业建设有精益道场实验室、生产计划与仿真实验室、人因工程实验室、质量管理与控制实验室，同时还与天能集团(江苏)公司、淮安苏果配送中心、顺丰物流公司和淮安澳洋顺昌电子科技有限公司等多个企业合作建立了产学研基地，为就业奠定坚实的理论和实践基础。