生态与环境学院是云南大学国家“双一流”建设中“生态学与地球环境学科群”主要承担单位，作为教育部认定的国际一流建设学科，云南大学生态学早在1956年就开始培养研究生，1989年就获得博士学位授权点，2002年入选国家重点学科，2012年全国学科评估中名列第二（并列），2017年全国学科评估进入A类学科。目前，学院有生态学、环境科学与工程2个本科专业，其中生态学和环境科学为国家特色专业和云南省重点专业；拥有生态学一级学科博士（硕士）学位授权点（2012）和生态学博士后科研流动站（2013），形成了"学士—硕士—博士—博士后"完整的人才培养体系。
云南大学的生态学科发轫于1937年，当年世界著名数学家、教育家熊庆来教授担任云南大学校长后，认为云南生物资源、生态环境优势独特，开展生物、生态学研究占有地利而学术影响甚大，在1938年成立了生物系，生态学作为一个重要内容溶于生物学各方面的工作中。此事正值抗日战争，国内生物学界一批精英荟萃在云南大学，在生物资源调查、植物和动物分类与系统学研究、植物群落分类与分布规律及生物多样性多个领域取得了重要成果。尤其是20世纪50年代以来，国际公认的法、瑞地植物学派国内主要代表人之一的朱彦丞教授，英美植物生态学学派国内重要代表人之一的曲仲湘教授和一批苏联学者前来云南大学开展研究，汇集国际三大生态学派，生态学蓬勃发展，成为我国生态学高等学校师资和人才培养的重要核心。1997年生物学和化学结合组建了生命科学与化学学院，2002年4月生物学科又重组为生命科学学院， 2014年生命科学学院把从事生态与环境研究师资队伍进行调整，经整合组建了生态学与环境学院。
生态学与环境学院是以生态学为优势学科、支持和驱动环境学科发展、特色显著的学院。生态学经过70多年的积累和持续建设，在国内外具有重要的学术影响，特别是20世纪90年代，生态学作为省级重点学科和国家“211工程”的重点学科得到了持续建设和发展，“十五” 、“十一五”连续入选为国家级重点学科，成为本学科领域在西南地区唯一的国家级重点学科。早在1956年生态学就开始招收研究生，1986年获得生态学硕士授权单位，1989年获得博士授权点。云南大学以此为基础于2002年获得植物学、微生物学博士点，2004年获得生物学一级学科博士点。作为全国四家发起单位之一，经过10多年的积极倡议和行动终于在2011年使国家将生态学调整为一级学科，策应和支撑了国家生态文明发展战略。
全院现有教职工55人，其中正、副教授28人，博士生导师5人，硕士生导师29人。拥有博士学位、主持国家级科研项目和海外学习经历的教师比例90%以上，有国务院学位委员会学科评议组成员、国家“万人计划”教学名师、国家级教学名师、云岭学者1人；国家杰出青年基金获得者、国家新世纪百千万人才、中科院百人计划获得者、云岭学者1人；省创新团队1支，省教学团队1支。学院主持有国家重大科技水专项、国家重点研发计划课题、国家自然科学基金－云南省联合重点项目等一系列科研课题；主持国家级专业综合改革试点项目1个，国家精品课程2门，国家级精品资源共享课程1门，国家级精品视频公开课1门。学院与美国、加拿大、德国、比利时、日本等国内外多所著名高校和国际组织保持着良好的合作交流关系，有云南省高原山地生态与退化环境修复重点实验室、云南省生态文明建设智库、云南省生态建设与可持续发展研究基地，云南省高校高原山地生态与资源环境重点实验室等科研平台，还联合共建国家重点实验室培育基地2个。还建设有联合国教科文组织生态技术教席点、中加高原湖泊研究中心、云南省高原湖泊及流域生态修复国际联合研究中心等国际合作研究与人才培养平台。
学院以人才培养为中心，以学科建设为重点，以争取重大项目为突破口，以优化重组资源为手段，以激活资源、优化机制、驱动创新为工作内容，着力推进创新型学院、活力型学院、和谐型学院的建设与发展，科学研究、人才培养、社会服务各方面显示出强劲的发展势头。