工商管理学院是沈阳药科大学成立最早的二级学院，是国内医药院校中最早开展管理专业人才培养的院系，是国内第一个从事药事管理博士研究生教育的学院。学院始建于1981年，1987年开始招收全日制本科生，1995年组建工商管理学院, 1994年开始招收硕士研究生，2000年开始招收博士研究生。目前学院已经形成了本科、硕士和博士层次完整的教育体系。
学院下设药事管理、工商管理、市场营销、药物经济学四个教研室，现有教工40人，其中专任教师32人。教师中有教授6人，兼职教授31人，副教授12人，具有博士学位的教师占教师总数的73%。教师在药物信息协会(DIA)、香港交易所生物科技咨询小组、中国药学会、中国药品监督管理研究会、中国药师协会、中国医药企业管理协会、国家发改委药品价格评审专家委员会、国家商务部产业发展专家委员会等组织以及《国际公共卫生杂志》、《中国药学杂志》、《中国药房》等十几家杂志有社会兼职。
学院现有药学一级学科（包括药事管理学1个二级学科）博士、硕士学位授予点1个；工商管理一级学科硕士学位授予点1个；硕士专业学位授予点1个，即药学硕士（药事管理学研究方向）；药事管理、工商管理、市场营销、本科专业3个。学院目前在校本科生924人，硕士生126人，博士生38人。现已培养药事管理博士毕业生80余名，占国内同专业毕业生总数的85%，硕士毕业生500余名。
近年来，学院完成了世界卫生组织、国家药品监督管理局、卫生部、科技部、教育部等研究课题300余项；发表学术论文2000余篇；公开出版专著和教材230余部；获得科研奖励70余项；建立了沈阳药科大学监管科学与产业发展研究中心和沈阳药科大学医药数据研究中心；创办了《亚洲社会药学》杂志。
学院坚持对外交流。与美国Alliant大学建立了本科生互换人才培养合作关系，与中国药科大学、复旦大学、北京大学、欧洲监管科学协会、澳门大学、美国南加州大学共同成立了国际药事监管教育推行委员会，签署了战略合作协议；与美国Amgen公司、德国拜耳公司等国内外知名企业建立了教育与科技合作关系。
学院将紧紧围绕学校办学宗旨，进一步加强内涵建设，以学科建设为主线，以教学改革为核心，以全面育人为根本，立足药学，突出特色，注重品质，创新发展，奋力开启药学领域国际知名、国内一流的工商管理学院建设的新征程。

沈阳药科大学工商管理学院1987年组建企业管理系，1996年成立工商管理学院，是学校最早的二级分院，2001年正式设立国内医药院校中第一个企业管理硕士点，同年招收企业管理硕士研究生。近年来，许多医药企业单位在学院攻读营销方向的工商管理硕士学位。此外，学院在北京、哈尔滨、大连、安徽等地开办了九个药事管理研究生课程进修班。目前已毕业的本科学生在全国各地，发挥着骨干作用，深受用人单位的欢迎，他们当中的许多人已成为国内外药学界的专家和骨干。
本专业核心教师在社会中兼任重要职位，教师分别担任中国管理科学研究院学术委员会特约研究员、中国药学会药品知识产权专业委员会委员、辽宁省药学会医药经济委员会副主任委员、中国管理科学研究院企业管理创新研究所高级研究员、中国药学会高级会员、中国医药企业管理协会理事、中国医药企业家协会理事、中国药学会中国药事专业委员会委员等重要职位。本专业教师还积极与校外医药企事业单位交流与合作，在国内医药界有较大的影响力。与美国Alinat大学建立了本科学生（2+2）互换培养计划协议。
培养目标
本专业为辽宁省示范专业。培养学生具有系统掌握工商管理的基本理论、基本知识和基本技能，具备一定的药学基本理论知识，具有国际化视野、创新意识、团队精神，具备良好的人文精神、科学素养和自主获取知识和应用知识的能力的高级医药管理应用型、复合型专业人才。
就业方向
毕业生能够在各类药品生产和流通企业、药品监管机构及相关事业单位、高等院校、医药行业咨询机构等领域从事管理及研究工作。
培养要求
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：1）掌握管理学、经济学等工商管理（医药）专业必备的相关基础学科基本原理、基本知识和基本技能；2）熟悉化学、药物化学、药理学、药剂学和药物分析等药学主要分支学科的基本理论知识；3）掌握财务管理、战略管理、生产运作管理、质量管理和管理信息系统的基本理论、基本知识和基本技能；4）掌握药事管理法规政策，熟悉我国企业管理的有关方针、政策和法规；5）受到社会科学研究方法的基本训练，具有医药生产与流通企业诊断、分析、策划与咨询的初步能力；6）具有运用信息技术、文献检索方法和相关定性、定量方法分析处理本专业有关问题的能力；7）能够比较熟练地阅读和翻译本专业英文文献和有关资料，具有一定科学研究和应用的实际工作能力，具有批判性思维能力；8）具有较强的自学能力并为接受专业继续教育奠定必要的专业基础；9）了解本专业领域科学理论前沿和发展动态及相关学科新知识。
主要课程
宏观经济学、微观经济学、管理学、会计学、经济法、药事管理学、组织行为学、人力资源管理、战略管理、财务管理、生产运作管理、质量管理、管理信息系统、市场营销学、药物经济学、运筹学、药物化学、药理学、药物分析、药剂学。