工商管理学院是沈阳药科大学成立最早的二级学院，是国内医药院校中最早开展管理专业人才培养的院系，是国内第一个从事药事管理博士研究生教育的学院。学院始建于1981年，1987年开始招收全日制本科生，1995年组建工商管理学院, 1994年开始招收硕士研究生，2000年开始招收博士研究生。目前学院已经形成了本科、硕士和博士层次完整的教育体系。
学院下设药事管理、工商管理、市场营销、药物经济学四个教研室，现有教工40人，其中专任教师32人。教师中有教授6人，兼职教授31人，副教授12人，具有博士学位的教师占教师总数的73%。教师在药物信息协会(DIA)、香港交易所生物科技咨询小组、中国药学会、中国药品监督管理研究会、中国药师协会、中国医药企业管理协会、国家发改委药品价格评审专家委员会、国家商务部产业发展专家委员会等组织以及《国际公共卫生杂志》、《中国药学杂志》、《中国药房》等十几家杂志有社会兼职。
学院现有药学一级学科（包括药事管理学1个二级学科）博士、硕士学位授予点1个；工商管理一级学科硕士学位授予点1个；硕士专业学位授予点1个，即药学硕士（药事管理学研究方向）；药事管理、工商管理、市场营销、本科专业3个。学院目前在校本科生924人，硕士生126人，博士生38人。现已培养药事管理博士毕业生80余名，占国内同专业毕业生总数的85%，硕士毕业生500余名。
近年来，学院完成了世界卫生组织、国家药品监督管理局、卫生部、科技部、教育部等研究课题300余项；发表学术论文2000余篇；公开出版专著和教材230余部；获得科研奖励70余项；建立了沈阳药科大学监管科学与产业发展研究中心和沈阳药科大学医药数据研究中心；创办了《亚洲社会药学》杂志。
学院坚持对外交流。与美国Alliant大学建立了本科生互换人才培养合作关系，与中国药科大学、复旦大学、北京大学、欧洲监管科学协会、澳门大学、美国南加州大学共同成立了国际药事监管教育推行委员会，签署了战略合作协议；与美国Amgen公司、德国拜耳公司等国内外知名企业建立了教育与科技合作关系。
学院将紧紧围绕学校办学宗旨，进一步加强内涵建设，以学科建设为主线，以教学改革为核心，以全面育人为根本，立足药学，突出特色，注重品质，创新发展，奋力开启药学领域国际知名、国内一流的工商管理学院建设的新征程。