水利建筑工程学院水利工程系成立于2009年6月，源自始建于1960年的农田水利工程专业（石河子大学前身石河子农学院创院之初的4个专业之一）。现有农业水利工程和水利水电工程2个本科专业，下设灌溉排水工程教研室、水工结构工程教研室、水文水资源教研室、测量学教研室和岩土工程教研室5个教研室。
师资力量
水利工程系现有教职工33人，其中教授11人，副教授11人，讲师11人，具有高级职称教师比例达66.6%；具有博士学位15人，硕士学位15人，硕士研究生学历以上教师占90.9%。享受国务院特殊津贴专家3人，百千万人才1人，专任教师荣获农业部突出贡献专家1人，入选中国农业水土工程学会副主任委员1人，教育部教学指导委员会委员3人，绿洲学者1人，兵团英才4人，石河子大学3152青年骨干教师7人。
学科建设与人才培养
水利工程系现有自治区重点学科“农业水土工程”，校级重点学科“水文学与水资源”和“水利水电工程”；拥有兵团重点实验室“现代节水灌溉兵团重点实验室”，兵团级协同创新中心“棉花生产技术现代化协同创新中心”，校级重点实验室“石河子大学干旱区水资源高效利用重点实验室”，以及校外试验站“石河子大学节水灌溉试验站”。
从1960年开始招收农田水利工程专业的本科生，1998年该专业更名为农业水利工程专业，2013年入选教育部“卓越工程师计划”，经过50余年的建设发展，农业水利工程专业已成为新疆生产建设兵团的特色专业，2015年通过中国工程教育认证，是新疆第一个通过中国工程教育认证的专业。2011年开始招收水利水电工程专业的本科生。1990年获批农业水土工程硕士点（石河子大学是全国农业水土工程硕士专业发起创建单位之一），2005年获批农业工程一级学科硕士点，2011年获批农业工程一级学科博士点和水利工程一级学科硕士点。现每年招收本科生120余名，硕士生近40名，博士生3～5名，已形成了以本科为主，具有博士、硕士及各种培训班的多层次多形式的人才培养体系。
科学研究与社会服务
水利工程系学术队伍结构合理、学科门类齐全，学科群体优势显著，结合专业前沿与新疆地域特色，不断进行科学研究，积极开展社会服务。在干旱区节水灌溉理论与技术、干旱区水资源优化配置与高效利用、绿洲盐碱地水利改良与治理等领域形成了鲜明的研究特色。先后承担完成了国家“九五”、“十五”科技攻关项目、国家“十一五”、“十二五”科技支撑计划项目、国家“863”项目、国家“973”前期专项项目及课题、国家973项目专题、国家自然科学基金-新疆联合基金重点项目、水利部公益性行业专项项目、国家自然科学基金项目、兵团科技攻关项目等省部级以上科研项目50多项，取得了一批研究成果。近年5年来，发表核心期刊论文200余篇，其中三大检索收录论文63篇；参编和出版教材专著20余部；获批国家发明专利、实用新型专利及软件著作权50余项；获省部级奖11项，其中兵团科技进步一等奖3项，二等奖2项。
水利工程系正乘着国家“一带一路”建设、振兴中西部高校和新疆兵团全面深化改革的春风，朝着建设“国内先进，中亚一流”的特色专业目标迈进。