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系统控制重点实验室于1994年底经中国科学院批准正式成立。其前身是1962年 3月成立于中国科学院数学研究所的控制理论研究室，是我国最早从事现代控制理论研究的单位。首任室主任为著名科学家关肇直院士、副主任为宋健院士。四十多年来，该室无论在控制理论基础方面还是在国防和工程、经济等应用方面都取得了令世人瞩目的成就，为奠定和推动我国的现代控制理论及应用做出了重要贡献，成为国内系统与控制理论研究的中心；先后获得国家自然科学奖3项，国家科技进步特等奖1项，以及20多项院、部级奖。 

　　该室的宗旨是充分发挥多学科交叉与综合的优势，以科学、工程和经济建设中的实际问题为背景，开展系统控制中带有普遍性的关键科学问题研究，做出国际领先或先进水平的工作，并针对具有重要意义的实际项目, 取得应用成果, 同时广泛开展国内外学术交流和合作，培养年轻的学科带头人，为我国科学事业的发展和现代化建设做出应有的贡献。 

　　研究方向有随机系统、非线性系统、分布参数系统、离散事件动态系统、参数估计、适应控制、鲁棒控制、网络信息论、复杂系统与复杂性、量子控制、先进控制系统设计方法研究等。本着开拓创新、与时俱进的精神，许多新的生长点不断涌现。 

　　该室现有成员17人，其中包括中国科学院院士 2人、美国IEEE Fellow 3人、IFAC Fellow 3人，博士导师9人、国家杰出青年基金获得者6人、中国科学院百人计划入选者2人，另有国际著名学术期刊编委6人次，国内学术期刊主编、副主编、编委20余人次。多人在国内外重要学术组织兼职，先后任国际自动控制联合会(IFAC)执委会委员, IFAC技术局委员, IFAC系统与信号协调委员会主席, IFAC奖励委员会委员及YAP奖评选委员会主席, IFAC建模、辨识与信号处理委员会主席, 中国自动化学会理事长, 中国自动化学会副理事长, 中国数学会副理事长, 中国工业与应用数学会副理事长, 国家科学技术奖励委员会委员, 中国科学院信息技术科学部常委等。 

　　近年来，每年平均有在读硕士生10多名, 在读博士生20多名, 在站博士后近10名。先后培养了众多博士生和硕士生。多数就职于国内科研院所、大学或高技术公司。谢惠民、刘嘉荃、郭雷等曾被国家教委和国务院学位委员会授予"做出突出贡献的中国博士学位获得者"称号，郭雷于2001年当选为中国科学院院士，郭雷、洪奕光分别于1993年和1999年获得国际自动控制联合会(IFAC)世界大会的青年作者奖，现任教于美国亚特兰大大学的王沅教授曾获美国总统青年研究奖。 

　　该室与国内外控制界保持着广泛而又密切的联系，平均每年有30余人次出境参加学术会议或进行合作研究，也有30多人次境外知名学者来该室进行学术交流。20多年来，该室组织召开了20多届(每年一次)中国控制会议及一系列重要国际性学术会议，如1988年的IFAC系统辨识与参数估计会议、1999年的第14届IFAC世界大会、2002年的中美双边复杂系统的干预和适应研讨会、2004年的香山科学会议“系统、控制与复杂性科学”以及2003年以来的三届中瑞控制会议和两届中日双边控制研讨会等。 

　　我国的强大和经济的腾飞依赖于科技进步，而科技发展的一个重要标志是现代自动化水平的提高。作为自动化的重要基础，控制理论正面临新的挑战和机遇。在新的世纪，系统控制重点实验室将以过去的成绩为新的起点，在攀登新的系统控制科学高峰的同时，面向经济建设，为祖国的科学与社会的发展做出更大的贡献。 

　　目前，中科院系统控制重点实验室的成员来自于以下三部分： 

　　中国科学院系统科学研究所控制研究室； 

　　中国科学院系统科学研究所复杂系统研究室； 

　　中国科学院系统科学研究所统计科学研究室部分成员。