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　中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室于2008年通过中国科学院评估，成为中国科学院重点实验室。重点实验室依托中国科学院亚热带农业生态研究所，始建于2003年12月，为湖南省与中国科学院共同建设的重点实验室，同时挂农业生态工程湖南省重点实验室的牌子。

　　重点实验室主任由吴金水研究员担任，现任学术委员会主任为傅伯杰研究员。现有固定人员38名，其中研究员12名，副研究员11名，技术支撑人员5人。拥有国家杰出青年基金获得者1名，国家“百千万人才工程”第一、二层次人选2名，引进国外杰出人才4名，湖南省杰出青年基金获得者2名。现有流动人员147人（博士后1人、在读博士、硕士研究生共146名）。

　　实验室设立亚热带农田生态系统过程、亚热带农牧复合生态系统过程和亚热带农业生态系统功能及其调控机理3个研究方向。研究内容包括亚热带三大类型区农业生态系统格局、关键物质循环调控与区域农业资源高效利用优化模式、区域退化农业生态系统修复与农业资源高效利用关键技术、水稻和玉米等作物耐逆境胁迫的分子生态学机理与杂种优势利用、农业动物高效优质生产模式及环境安全控制技术等重点领域。

　　实验室目前拥有基因芯片仪、飞行时间质谱仪、植物生长箱、荧光定量实时PCR仪、生化分析仪、氨基酸自动分析仪、C/N分析仪、地理信息系统工作站等仪器设备，总价值2000余万元。实验室包括GIS与遥感应用室、物质循环室、动物养殖环境室、作物分子生态室等专业实验室。与研究所两个国家野外实验台站（桃源站和环江喀斯特站）以及正在建设中的洞庭湖湿地站和亚热带生态数据中心紧密合作，形成了完整系统的研究支撑体系。

　　重点实验室近5年先后承担国家973和支撑计划项目（课题主持）、国家杰出青年基金和国家自然科学基金重点项目、百人计划项目、中国科学院院知识创新重大项目和重要方向项目等重要科研任务共80余项，总经费9120余万元。

　　近5年重点实验室取得了一批对区域农业发展与生态环境建设有重大贡献的研究成果。先后获获国家科技进步二等奖1项，湖南省科技进步一等奖3项、二等奖1项、三等奖3项，广西区科技进步二等奖1项（第三）；出版专著4部，发表SCI论文61篇；获得国家授权专利12项（其中发明专利10项、实用新型专利2项）。选育的3个新品种通过省级审定。

　　随着知识创新工程的不断推进，重点实验室的国际影响逐渐扩大。先后与联合国粮农组织、英国洛桑试验站、日本国立环境研究所、加拿大农业部健康与营养研究中心、澳大利亚联邦科工组织（CSIRO）等国际知名的研究机构建立了长期合作研究关系。依托重点实验室主办的亚热带区域畜禽健康养殖与动物营养国际学术研讨会、亚热带区域持续农业国际学术研讨会等得到了包括粮农组织在内的众多国际农业组织的积极响应。