生物信息学院成立于2000年，围绕健康信息领域开展科学研究、人才培养和“产学研用”地方经济服务。具备数字医疗仪器、医学信息软件、生物信息领域的本科生和研究生培养能力。所培养人才遍布在科研院所、数字医疗仪器企业、医药卫生机构，具备极高的美誉度和影响力。以健康信息为特色的生物医学工程和生物学学科在重庆和西部影响力巨大，在国内极具知名度。
学院现设有“两系两办一中心”，即生物医学工程系、生物信息系、学生工作办公室、学院办公室和实验中心，拥有重庆市医用电子与信息技术工程研究中心、生物大数据智能重庆市重点实验室、数字医疗装备与系统重庆市工程实验室等重要科研机构，建有 “动植物基因司法鉴定中心及重庆市红十字会救护技能培训中心”。
依托“互联网+”、大数据、健康中国2030规划等重大国家战略，面向智慧医疗、健康信息等产业的高速发展，秉承“创新驱动、精英培养”的理念，以“信息技术+专业”为人才培养优势，以科技创新素质养成为特色，培养信息技术在医疗装备、健康信息、生物大数据等领域中应用的高级专门人才。学院建有广获好评的科研班、宜伦实验班和众创空间，鼓励学生参与创新创业及各类科技竞赛，近年来获中国“互联网+”大学生创新创业大赛等奖励国家级50余项、省部级100余项。升学率、毕业率、授位率、就业率一直保持学校前茅。
学院拥有生物医学工程和生物学硕士授权点，同时在兄弟学院联合招收培养信息类学科博士和硕士研究生。现有生物医学工程、生物信息学、医学信息工程3个本科专业，其中生物医学工程为重庆市该领域首批“三特”专业和重庆市一流专业；生物信息学是西南地区建立最早的生物信息学专业，与美国Nicholls State University开展 “2+2”联合培养，毕业生可授予中美双学位。与美国乔治华盛顿大学合作开展3+2模式数据科学专业（MS in Data Science）硕士研究生培养项目。在校全日制本科生697人，全日制研究生68人。
学院现有教师59人，专任教师48人。正高级职称13人，副高级21人，博士41人。兼职教授7名。博士/硕士研究生导师35人，省（部）级以上人才8人，人才队伍国际化和区域影响力居学校第一。北京大学原校长许智宏院士、乔治华盛顿大学曾辰教授等一批著名专家为学院特聘或外聘教授。
学院获批建设有重庆市医用电子与信息技术工程研究中心、重庆市数字医疗装备与系统工程实验室、生物大数据智能重点实验室，三个类型的重庆市重点科技平台打通了基础研究、技术研发和产品产业化的完整链条。与兄弟学院共建重庆市唯一的智慧医疗系统与核心技术创新团队。获得6次中央与地方共建实验室建设项目，拥有2500多万元教学科研仪器。近年来主持和承担了科研项目200多项，发表科研论文600余篇，出版学术专著7部，获得国家专利100多项，国家级奖励1项，省部级奖励6项。
高度重视对外交流，与北京大学、清华大学、中国军事科学院、陆军军医大学，美国马里兰大学、乔治华盛顿大学、EBI、Nicholls州立大学、华大基因、重庆西山科技等单位在健康信息领域进行深度科技交流与合作。
学院地处鸟语花香，悠远厚重的南部校区；全院师生努力拼搏，奋力建设一流的医用电子与生物信息学科；形成了“健康、和谐、朝气”的学院文化氛围。