重庆医科大学中医药学院组建于2001年，是重庆市唯一的中医药高等教育基地，其前身主要系由1951年西南军政委员会卫生部创办的重庆中医进修学校，曾先后更名为四川省重庆中医学校、重庆市中医学校，学院组建时该校为国家中医药管理局重点中医学校，曾被时任卫生部副部长兼国家中医药管理局局长胡熙明誉为“中医黄埔”。我国著名中医药学家鲁之俊、任应秋、吴棹仙、冉雪峰、胡光慈、沈仲奎等曾在校执教和任职。学院组建以来，得到了快速的发展。
学院以培养高层次中医药人才为主体，紧紧围绕中医学、中西医结合医学、中药学三个一级学科，充分应用重庆医科大学医学、理学、工学、管理学、文学、法学等学科门类的整体优势，培养包括本科生、硕士生、留学生在内的高等中医药专业人才。办学类型涉及普通高等教育、成人高等教育、继续教育、对外中医药教育等多种形式，形成了以人才培养高层次、教育教学特色化为发展方向的中医药高等教育体系。
学科专业
现有2个一级学科硕士学位授权点（中医学、中西医结合）、15个二级学科硕士学位授权点；2个省级重点一级学科（中医学、中西医结合）、15个省级重点二级学科、1个国家中医药管理局重点学科（中西医结合临床）、1个重庆市中医药重点学科（中医内科学）；1个重庆市实验教学示范中心（重庆医科大学中医药实验教学中心）；1个重庆市特色专业（中医学）；7个本科专业及方向（中医学、针灸推拿学、中西医结合、中医康复治疗学、中医骨伤科学、中药学、中药制药学）；2个成人高等教育本科与专科专业（中药学、中西医临床医学）。
教学、科研机构与基地
设有7个中医药教研室（中医学基础、中医临床基础、中医临床、中医骨伤、针灸推拿、中药方剂、中药综合）、1个重庆市中医药实验教学示范中心、1个重庆市科委中药产业联盟研究基地、1个中医药研究室、1个药用植物园、25个中医临床和中药实践教学基地。
师资队伍与人才培养
学院拥有一批知名的中医药教学、科研和临床专家。重庆市名中医1人，重庆市学术和技术带头后备人选1人，重庆市中医药学会副会长1人，重庆市中西医结合学会副会长1人，重庆市针灸学会副会长1人，重庆市中医药行业协会副会长1人，各学会副秘书长及常务理事8人，各学会专业委员会副主任委员以上15人。有中医药类专业教师50人，硕士研究生导师15人，教授7人，副教授22人，具有博士7人（不包括在读6人），硕士39人，硕士以上教师比例达80%以上。学院现有在校本科学生近2000人，硕士研究生50余人。
教学及科研
近五年来，学院获得包括国家自然科学基金在内的厅局级以上科研课题120余项、省级与厅级科研成果9项，发表学术论文500余篇。主编全国高等中医药教材10部、副主编和参编教材50余部。出版专著35部，出版译著1部；主办的《实用中医药杂志》为《CAJ-CD规范》执行优秀期刊、中国核心期刊数据库收录期刊。
学院坚持“立足继承，重在创新，促进中医药学发展”的宗旨，继续以提高教育教学质量为核心，努力探索西医院校中医药高等教育发展模式，着力突出办学特色，以造就高素质创新型中医药人才为目标，努力构建以培养高层次人才为主体的中医药高等教育体系；以建设重点学科为龙头，努力打造优势突出、覆盖面广的中医药学科与专业体系；注重办学的开放性，广泛进行中医药国际交流，努力推进中医药国际化进程。
“严谨、求实、勤奋、进取”的重庆医科大学中医药学院将在弘扬祖国传统医学的诸多领域乘风破浪，扬帆奋进！