食品与医药学院组建于2006年，由创建于1958年的原舟山水产学院食品工程类专业和原医学院药学类专业合并而成。在长期的办学历程中，学院形成了本科教育、研究生教育和继续教育多层次协调发展的办学格局。学院主要为社会培养在海洋食品、海洋生物医药等相关领域有专长的创新创业应用型人才。
学科建设
学院坚持以学科建设为龙头，建有食品科学与工程一级学科硕士点、食品加工与安全和药学专业硕士学位点（其中食品加工与安全与意大利比萨大学开展双硕士学位研究生教育）。建有水产品加工及贮藏工程、海洋生物医药省级重点学科和食品科学与工程省级一流学科（2018年考核优秀）。
师资队伍
学院现有教职工50余人，专任教师40余人（其中博士学位教师占83%，有出国访学经历教师占65%）。正高职称13人、副高职称15人；博士生导师7人、硕士生导师30余人；国务院特殊津贴专家2人、泰山领军人才1人、浙江省教学名师1人、浙江省中青年学科带头人4人、浙江省151人才5人、舟山市专业技术拔尖人才3人。学院还聘请了孙宝国、朱蓓薇、管华诗、Soottawat Benjakul、Aubourg Santiago等3名院士和10余名国内外高水平专家担任客座教授。
人才培养
学院现有全日制在校本科生近800人，研究生100余人，其中外国研究生10余人，非全日制研究生20余人。近五年来，学生获得大学生“挑战杯”课外科技作品竞赛全国特等奖、二等奖及创业计划竞赛全国银奖、铜奖和大学生水产食品加工与创意大赛全国三等奖、首届“甘其食杯”中国传统食品创新大赛一等奖等省部级以上学科竞赛奖200余人次。培养硕士研究生200余名，发表学术论文350余篇，授权专利、软件著作权共50余件。