音乐系成立于2001年，已有17年的办学历史，现具有艺术学理论（音乐方向）和中国少数民族艺术（民族音乐方向）两个学术硕士学位授权，还具有艺术硕士（音乐表演专业）学位授权。音乐系秉承学院“厚德博学、精艺尚美”的办学理念，以致力于培养“立足云南、面向全国、辐射东南亚、联通世界”的创新型艺术人才为宗旨，加强学生对音乐经典文献、经典作品和原创性思想的学习，注重对各民族民间音乐的田野调查和研究，强调学生创造力的培养，在突出实践性教学的基础上，实现理论教学和实践教学在具体课程和教育活动中的会通。通过循序渐进地接受音乐理论与实践的基本训练，使学生具有基本的音乐研究能力、表演能力、创作制作能力等。迄今为止，已经为音乐各相关行业领域输送了280多名专门人才。
    音乐系现有专业教师17人，其中教授1人，副教授6人，讲师7人，助教3人，涉及民族音乐学、音乐美学、音乐史学、作曲技术理论、钢琴、声乐、器乐等专业方向，教师队伍中，有“千人计划”海外特聘专家1人，云南大学中青年骨干教师1人。除此，音乐系聘请中央音乐学院、中国音乐学院、南京艺术学院、云南民族艺术研究所的专家学者作为客座教授。
    多年来，音乐系获得国家社科基金艺术学重大招标项目1项、国家社科基金艺术学青年项目1项，省级哲学社科项目2项，省部级以上科研奖励3项，代表性论文成果在CSSCI、北大核心期刊发表50余篇，出版专著、专辑、教材等20余部。师生参加各类音乐会演出260多场次，参加各类演出、比赛获奖180余项。