信息安全系成立于2011年，拥有信息安全、网络工程和网络空间安全（新增）三个本科专业。信息安全专业2007年招生，是新疆第一个信息安全本科专业，同时也是自治区第二轮重点产业紧缺人才建设专业和自治区战略新兴专业。网络工程专业于2011年招生。为响应国家加快网络安全人才培养号召，2018年向教育申报网络空间安全专业。
拥有专业教师15人，高级职称7人，博士学位5人，45岁以下教师11人。其中，教育部高等学校信息安全教学指导委员会专家1人，自治区教学名师1人，自治区教学能手2人，宝钢优秀教师奖2人。拥有公安部颁发的信息安全等级保护测评师8人，注册信息安全专业人员CISP培训讲师5人。
拥有信息安全基础、网络攻防、物联网安全和网络技术四个实验室，占地面积260平方，设备总值约400万。依托创新实验室，近五年学生获国家、自治区、校及企业大学生创新创业计划项目20项，参加中国信息安全铁人三项赛、全国大学生信息安全竞赛等10余种学科竞赛，取得省部级三等奖以上奖励100余人次。
信息安全系已为新疆及全国毕业生共500余人，广泛就业于政府机关、部队、金融、能源、通信、教育，以及知名的信息安全企业和IT企业。部分毕业生被保送至武汉大学、四川大学等985高校攻读硕士学位，毕业生升学率高达32%。
近五年主持各类教学改革项目10余项，发表教研论文20余篇，主持校级精品课程2门，获得自治区教学成果二等奖1项。围绕国家、自治区发展重大需求，在不良信息监测、数据流过滤和等保测评等方面开展科学研究与社会实践工作。近五年获国家等各类科研项目60余项，科研经费近千万，获发表论文60篇，软件著作权40余项。