机械工程学院前身为原国家机械部的国家示范性高工专——南京机械专科学校机械工程系，办学历史可以追溯到创建于1915年的同济医工学堂（同济大学前身）的附设机师科。现有教职员工100余人，其中教授17人，副教授（高级工程师）48人，具有博士学位35人，具有硕士学位40人；教育部教学评估专家1人，江苏省“青蓝工程”、江苏省“333”工程青年骨干教师培养对象、中青年学术带头人、“六大高峰人才”、江苏省有特殊贡献中青年专家、政府特殊津贴专家等10余人。
近五年，学院先后承担国家自然科学基金课题17项、省自然科学基金课题和省六大人才高峰项目等省部级项目25项，省级重大成果转化1项、产业化项目3项，产学研合作项目100多项；出版学术专著（教材）13部；公开发表论文460多篇，其中被SCI、EI收录论文100多篇；获得国家发明专利授权60多项，实用新型专利授权150多项，科研成果推广应用产生了较好的经济效益和社会效益。
现有机械设计制造及其自动化、工业工程、过程装备与控制工程、机械电子工程、机械工程等5个本科专业，专业硕士研究生试点招生领域1个；机械设计制造及其自动化专业是江苏省特色专业，以该专业为核心的机械类专业是江苏省“十二五”重点建设专业（类）。学院每年招收本科生500余人，硕士研究生50余人。
拥有南京工程学院—南京康尼公司国家级大学生实践教学基地1个，机械产品现代设计技术等江苏省学科综合训练示范中心2个，数字化设计制造等中央地方共建实验室4个，建有以机械设计基础、制造技术基础和测控技术基础等基础实验中心3个；与德国西门子集团等知名企业共建有“博世力士乐机电一体化实验中心”等专业实训实验平台2个，为专业的人才培养创造了十分优越的实践教学条件。
学院是全国高等工程应用型本科机械类专业协作组轮值主席单位，中国机械工业教育协会应用型本科机械工程学科教学委员会主任委员单位，教育部首批国家级机电控制类专业人才培养模式创新实验区，江苏省机械类人才培养模式创新实验基地，教育部首批卓越工程师教育培养计划试点单位，教育部CDIO工程教育改革首批试点单位。近年来，学院坚持应用型人才培养目标定位，不断深化教育教学改革，机械类工程应用型人才培养体系的创新与实践等先后获得国家级教学成果二等奖1项，省级教学成果一等奖2项、二等奖3项。
学院毕业生以思想政治过硬、综合素质好、专业基础扎实、实践能力强、发展后劲足而受到用人单位的广泛好评和普遍欢迎。近五年来，就业率持续保持在98%以上（其中，考研升学率近20%，50%以上进入“985”、“211”高校就读）。学院鼓励和支持大学生开展科技创新活动，大力培养学生的创新精神和实践能力，40%以上的在校学生参加过各级各类科技创新、竞赛等活动。近五年来，大学生获国家级、省级各类创新、竞赛奖近200项，其中国家级奖项38项。获发明专利和实用新型专利授权50多项。在同类高校名列前茅。
百年积淀，学院秉持“求真、务实、和谐、共进”的院风，为我校创建应用型本科质量名校，高水平应用型工程大学而不懈奋斗。