四川大学是全国首批建立生物工程专业的高等院校之一，该专业可以追溯到1985年创建的生物化工专业，于1986年开始招生，1990年开始培养研究生。1998年教育部进行专业调整，以生物化工专业为基础发展成现在的生物工程专业。本专业长期以来秉承化工学科创始人张洪沅先生“立足基础、面向工业、服务社会”的办学理念，已逐步形成了“理工融合、创新驱动、实践导向”的办学特色。
生物工程专业长期以来坚持“以学生为中心”的人才培养核心理念，贯彻执行四川大学“以人为本、崇尚学术、追求卓越”的现代大学办学理念和“精英教育、质量为本、科教结合、学科交叉”的人才培养指导思想，实施“分类指导、个性培养、注重创新、面向世界”的人才培养原则。数十年来，生物工程专业全体教师根据社会人才需求和专业发展状况，不断探索创新，优化培养方案，坚持工程特色，重视实践教学，发挥多学科交叉的优势，把培养应用型工程技术人才作为培养目标。本专业培养的毕业生具有扎实的基础知识和过硬的专业素质，在工作中表现出了较强的创新精神和解决复杂工程问题的能力。每年毕业生供不应求，毕业生入职用人单位后普遍受到好评。校友中涌现出大量的企业负责人和技术骨干。
四川大学生物工程学科属于学校“双一流”重点建设学科中的重要组成部分。生物工程学科从我国和四川省生物工程学科的实际出发，结合我校的优势，围绕生物制造核心技术体系，依托化学工程与技术国家一级学科以及国家生物科学与技术人才基地、国家工科基础课程化学教学基地、制药工程与技术四川省重点实验室，注重各学科的交叉融合，逐渐形成了工业和环境微生物技术、生物资源和能源、生物分离材料与方法、生物矿化、生物制药、天然产物化学和生物医用材料等特色鲜明的研究方向。
历经30余年，生物工程专业在学校和学院的大力支持下有了长足的发展，已建设成同时具有生物工程学士、生物化工硕士和博士学位授予权、博士后流动站以及工程博士、工程硕士授予权，已经逐步发展成为我国和四川省生物工程领域的重要科学研究和人才培养基地。
培养目标：培养适应现代生物工程技术发展和经济及社会发展需要的人才。学生应掌握生物工程及其产业化的科学原理、工艺技术、工艺和工程设计等基础理论和技能，并具有良好的人文社会科学素养、创新意识及国际化视野，能在生物技术与工程及相关领域从事技术与产品研发、生产与技术管理、质量管理与控制、工艺与工程设计、经营管理等工作，成为所从事领域的专业技术和管理工作的中高级骨干。
主干课程：计算机基础、物理化学、化工原理、生物化学、微生物学、基因工程、发酵工程、细胞工程、蛋白质工程、生物反应工程、生物分离工程、生物工艺学、生物工程设备、生物工程设计等。