四川大学华西基础医学与法医学院病原生物学系是由微生物学教研室、人体寄生虫学教研室和感染免疫研究室组建，并于2019年1月正式成立，陈建平教授担任病原生物学系主任暨感染免疫中心主任。
微生物学教研室、人体寄生虫学教研室和感染免疫研究室在基础医学教科研中取得了卓越的成绩。王正仪教授在钩虫吸血研究取得重大成就，荣获1978年全国科学大会奖。感染免疫研究室暨钩体病研究室戴保明教授曾因钩端螺旋体所致肺大出血机制研究获得1996年国家科技进步三等奖，人体寄生虫学教研室胡孝素教授因黑热病单克隆抗体和PCR诊断研究曾获得1998年国家科技进步三等奖，感染免疫研究室鲍朗教授曾获得2005年教育部技术发明一等奖。病原生物学系先后承担过国家863计划课题、国家973传染病重大专项、国家自然科学基金面上项目和青年基金项目，教育部、卫生部和四川省科技厅项目。
病原生物学系承担5年制和8年制《人体寄生虫学》、《微生物学》和《病原生物学实验》课程，以及留学生和研究生的本学科相关教学任务。本系一直是八年制《医学微生物学》教材的主编单位，贾文祥教授主编了第1、第2版，李明远教授主编了第3版，均为“国家级”规划教材。贾文祥教授、李明远教授、陈建平教授和李婉宜教授还在人民卫生出版社、四川大学出版社、高等教育出版社、科学出版社主编有教材，其中部分也是“国家级”规划教材，为我国的医学人才培养做出了突出贡献。
病原生物学系暨感染免疫中心的建设目标建立国内一流的感染免疫中心，新发再发传染病研究中心及疫苗和体外诊断试剂研发中心。主要的研究方向有：（1）新现与再现传染病监测及病原体基因库（传染病监测） 建立病原检测网络，收集临床（包括疾控和医院系统）、动物（畜牧养殖业，偏远农村及少数名族地区）及环境（城市饮用水、河流等）样本。分离培养常见和具有潜在威胁的病原体（可培养物种），并进行基因组测序；同时，对收集样本直接进行宏基因组测序（所有可培养及不可培养物种）。对获得的分离株保种入库；建立数据库，存储样本分离时间、地点、样本来源等信息及样本（宏）基因组数据。本方向旨在实时监控新现与再现传染病，提供准确的预警和科学的参考依据。疾病暴发后，可及时运用基因组数据及样本信息进行溯源和进化演变分析；基因组信息可为下游开发诊断试剂及疫苗提供科学依据；存储的病原分离株复苏后可快速开展病原致病机制及抗感染免疫机制相关基础研究。（2）在疾病暴发流行后，快速开展病原体诊断及新药、疫苗研发工作。研发快速诊断试剂，实现病人快速确诊、人群筛查等重要防控措施的开展。建立药物高通量筛选平台，评估现有抗生素或抗病毒药物对新发病原体的效用，指导临床用药；对小分子化合物库进行筛选，鉴定新的具有抗病原活性的化合物进行新药研发。开展减毒、灭活、亚单位等不同类型的疫苗研发工作，实现后期对疾病的预防。（3）病原致病及机体抗感染免疫机制（基础研究） 运用分子生物学技术、细胞及动物模型研究病原体致病相关基因及其与宿主相互作用（免疫机制）。掌握病原体生长、代谢及致病关键基因，可促进基于靶标的药物设计。掌握机体抗感染免疫机制，可为临床免疫相关治疗提供依据，为评估疫苗是否具有保护性提供重要指标。
病原生物学系现有教授/研究员5人，副教授/副研究员4人，讲师/助理研究员7人。其中博士生导师2名（鲍朗教授和陈建平教授），硕士生导师5名（李婉宜教授、吴琦教授、陈达丽研究员、王保宁副教授和罗涛副研究员）。