四川大学制药工程专业设立于1998年，是全国首批招生的几所重点院校之一，在较短的时间形成了化学制药、生物制药、中药制药以及制剂工程等专业方向齐全的制药工程专业，采取重点本科、基地班、创新班以及校际联合培养的多种方式。现有在校本科生约600人，已并逐步形成“理工相融、实践导向、创新训练”的办学特色，2011年获准“国家级特色专业”建设，已发展成为全国综合院校实力最强的制药工程专业和学科之一，并于2013年度获准建设四川省卓越工程师教育培养计划。2015年，制药工程专业顺利通过了工程教育专业认证。
目前的制药工程专业涵盖了药物及制药中间体合成工艺及设备、天然药物技术及工程、药物制剂工程、药物分析及制药过程检测、药物计算机辅助分子设计及过程模拟、新材料与新制剂研究与开发和生物制药等方向。已建设成同时具有制药工程学士、硕士、博士学位授予权、博士后流动站以及工程硕士授予权的我国少数几所高等院校之一，在中国西部独占鳌头，在全国颇具影响力。
该专业现有在职专业教师33人，其中94%的教师具有博士或硕士学位，90%以上的教师具有不同程度的工业化或科技转化的工程实践经验。与此同时还聘请有大中型制药企业、设计院、研究院的高级工程师、专家为兼职教师，担任毕业教学指导、理论和实践课程授课等教学工作。
培养目标：培养适应21世纪现代医药工业生产与发展需要的毕业生。学生应系统地掌握现代制药工程及相关科学技术的基本理论、基本知识和基本技能，具有良好的人文素养和创新意识，能从事医药及相关领域的工艺与工程设计、技术与生产管理、质量管理与控制、技术与产品研发、经营管理等工作，成为所从事领域的专业技术和管理工作的骨干。
主干课程：计算机基础、物理化学、生物化学、化工原理、生物药理学、药剂学、药物化学、天然药物化学、生物制药技术、药剂制剂工程、药物分析、药事管理与法规、化学制药工艺学、药物研制与开发。