我校发酵工程学科隶属于轻工技术与工程一级学科的二级学科，是2005年被国务院学位委员会批准为具有硕士学位授权学科，目前有三个研究方向。分别是1）发酵微生物的筛选与代谢调控，是以筛选、诱变以及生物技术为手段，以粮食（玉米、大豆）深加工和改良传统发酵食品和食药用真菌功能特性为目的，研究、改造、开发具有工业应用价值的微生物菌种。2）生物化工与发酵工艺优化，以有工业应用价值的微生物菌种为出发菌株，解决利用微生物生产工业产品的工艺技术问题，进而获得微生物发酵新产品达到新资源的开发。3）代谢产物的分离与纯化技术，以凝胶色谱、离子交换色谱、膜分离技术等手段进行发酵产物提取、分离、精制的工程技术理论和实践应用研究。
　　发酵工程学科现有教师10人，其中教授1人，副教授4人，讲师4人，具有博士学位6人，硕士学位4人。2005年以来承担国家“自然基金”课题1项、 国家科技部“863”课题1项、国家科技部“十一五”科技支撑项目3项、国家科技部农业成果转化基金课题2项，吉林省重大攻关课题2项，吉林省科技厅重点课题3项、长春市科技局课题1项，吉林省教育厅课题3项，在国内外发表论文57余篇，其中7篇被SCI收录。获得省科技进步奖3项，编写教材和论著4部。自2007年开始招生以来，现共有40名硕士研究生在读。
　　发酵工程学科实验室面积近300m2，拥有专业无菌室、工业微生物、发酵工艺和分离提取三个实验室，拥有啤酒中试车间、5L发酵罐、10L发酵罐50L发酵罐各一台，1700紫外分光光度计、大型摇床、超低温冰柜、电泳仪、50L灭菌器、中空纤维过滤系统、厌氧培养箱、大容量冷冻离心机、生化培养箱、恒温恒湿培养箱、显微镜等设备，保障本学科的教学和科学研究。