高能物理研究所是1981年国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予权单位之一，1982年培养出我国改革开放后的第一位博士，1996年物理学被首批批准按一级学科授予学位。物理学学科在岗博士生导师70多人，在多个研究方向具有国际一流的研究实力。

高能物理所是依托大科学装置开展基础研究和应用基础研究的大型综合性研究基地，现有的大型科研设施有北京正负电子对撞机（BEPCII）及北京谱仪（BESIII）、北京同步辐射装置、北京自由电子激光装置、西藏羊八井国际宇宙线观测基地、大亚湾中微子实验，正在建设的大型科研装置有中国散裂中子源、硬X射线调制望远镜(HXMT)卫星、ADS等。

物理学是高能物理所的优势学科，现有四个二级学科，分别是理论物理、粒子物理与原子核物理、凝聚态物理和光学。凭借这些优势学科及大科学装置，四个二级学科在高能物理研究所实现了高度的统一。

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