经济系始建于2002年，当年开始招收国际经济与贸易本科专业；2004年开始在社会医学与卫生事业管理硕士研究生专业开设卫生经济、医药贸易方向；2012年4月经学校批准成立经济系，下辖经济学教研室、数学与统计学教研室；2013年开始招收保险学（健康保险）本科专业。目前还开设国际经济与贸易专业的成教本科和专科。
经济系开设的专业既体现了本学科的一般特点，又体现了医药和卫生事业的特点，特别是在课程设置和人才培养上具有鲜明的特色。截止2013年7月，已培养了1000多名毕业生。由于毕业学生理论基础扎实，综合素质高、实践能力强,深受社会各界欢迎，毕业生年均就业率在98%以上。有几十名毕业生考入清华大学、北京大学、中国人民大学、北京师范大学、中国政法大学、中国对外贸易大学、中山大学、暨南大学、华南师范大学以及国外、港澳地区的多所大学攻读研究生学位。目前在校本科生700多人。
经济系的教师队伍由专职教师和兼职教师组成。其中专职教师15人，除1人为本科学历外，其余老师均具备硕士学位或博士学位，2位教师曾有英国或美国学习经历，1位老师获澳大利亚新南威尔士大学商学硕士。专业教师中，教授1人，副教授3人，讲师11人。兼职教师10多人，主要来自政府机构、大型企业、医疗机构的领导和相关专业人员。
经济系坚持科学研究与教学、社会服务紧密结合，初步形成了具有特色的科学研究领域，在卫生经济、服务贸易、药品价格等领域的研究取得了一定的成果。近10年来，主持卫生部、中国卫生经济学会、广东省科技厅、广东省教育厅、广州市社会科学规划办公室、广东省中医药局等各级别课题30多项，发表学术论文200余篇, 主编（副主编）出版了《现代卫生经济学》、《新编卫生经济学》、《卫生经济学》、《卫生法学》、《医药市场营销学》、《医药国际贸易》、《医药保险学》、《医药数理统计学》等教材。
成立了电子商务实验室、经管类综合实验室、个案讨论室等专业实验室，同时还建立了与心理学、行为观察、药学等相关的实验室。购买了国际贸易实务、国际结算、电子商务、商务函电、市场营销、保险实务、会计学等相关的教学软件，开展模拟教学和实验、实训。
在充分利用学校教学基地的基础上，开拓了适合专业特点的各类实习点、实习基地和教学基地。已建立广东省食品药品监督管理局、广州市食品药品监督管理局、广东省药品招标采购中心、广州市国际医药港有限公司、广东省医药价格协会、珠江钢琴厂、广州医药集团有限公司等20多个教学与实践基地，聘任了一批具有实践经验的医药贸易与卫生管理干部担任兼职教师。
所有专业必修课程均按精品课程的标准进行建设；所有专业基础课和专业课都编写了教学大纲，部分课程编写了教学参考资料并建立了试题库；全体教师都积极运用电化教学手段和研制多媒体课件；选用全国规划教材、专业统编教材、教育部推荐教材，保证教材的质量；积极参与全国教材的编写，同时编写辅助教材、讲义；积极开展教学资源库建设，资源库包括了相关课程的内容、参考资料、相关书目和杂志、相关网络、经典案例、经典文献、思考题、师生互动平台等。