甘肃农业大学食品科学与工程学院食品科学与工程学科2006年被列入甘肃省级重点学科，2011年经国务院学位委员会审批，晋升为硕士点一级学科。学科下设食品科学、农产品贮藏加工工程、植物油脂与蛋白质工程3个二级学科。学院设有动物食品营养与工程博士点、营养与食品卫生学二级学科硕士点、食品加工与安全农业推广硕士点及食品工程专业工程硕士点，科研平台主要有甘肃省农畜产品加工贮藏重点实验室、甘肃省葡萄与葡萄酒工程重点实验室、甘肃省畜产品工程技术研究中心、甘肃省乳品工程技术研究中心、甘肃省果蔬加工示范实验室、甘肃省葡萄酒产业技术研发中心。
目前食品科学与工程学科已凝练形成了具自身独特区域优势的果蔬采后生物学、农产品及果蔬加工、畜产品加工和葡萄酒工程4个学术方向；学科具有一支国内同类学科领先水平的学术队伍，其中教授8人，副教授9人，平均年龄在40岁左右。2008年以来共承担国家级项目33项，省部级项目31项，其中国家自然基金13项，在研经费合计达1513万元。先后获国家级及省部级科技进步奖11项，教育部科技进步二等奖1项，省级科技进步一、二等奖各2项；厅局级科技进步奖11项，获得发明专利14项。在专业学术期刊上发表论文531篇，其中SCI 27篇，EI16篇。出版专著25部，主编、参编教材28部，其中全国统编教材19部。本学科已成为甘肃地区高层次食品工业人才培养基地、产学研相结合的技术研发与成果转化平台。