化学化工学院是原中央大学重要的院系之一，最早于 1920 年成立 化学系， 1928 年成立化学工程系， 培养了王葆仁、闵恩泽、陆婉珍等 一大批科学家。1958 年以化学工程系为母体，成立了南京化工学院 （现南京工业大学）。1988 年因学科发展和国家对化工人才的需求，
学校恢复成立了化学化工系，2006 年成立化学化工学院。
学院下设化学系、化学工程系、化学生物学与制药工程系，并设 有江苏省化学化工实验示范中心、江苏省分子铁电科学与应用重点实 验室、江苏省生物药物高技术研究重点实验室、江苏省富碳材料与器 件工程实验室、江苏省光电功能材料工程实验室以及正在组建的东南 大学智能材料研究院等研究机构， 形成了理工结合， 以工为主的学科 特色。学院拥有“化学工程与技术”一级学科博士点、“化学”一级 学科博士点、“材料物理与化学”二级学科博士点和“化学工程与技 术”博士后流动站。目前， 东南大学化学学科 ESI 排名 1.34‰， 近五 年来，全院以东南大学为第一单位在国际顶级期刊 Science 上发表研 究论文 3 篇， 另在 JACS、Angew Chem Int Ed、AICHE、化工学报等化
学化工顶级期刊上发表研究论文 50 余篇，累计在国外高水平杂志上共发表 SCI 论文 1500 余篇。