长治医学院生物医学工程系成立于2000年，至今已有18年的发展历程，为社会培养出应用型的毕业生近800名，积累了一定的办学经验，对专业的发展有一定的研究。创立之初，根据我校的办学定位和实际状况，围绕培养“有效管理医疗设施与医学技术”的专业人才为目标，设立了办学宗旨：“立足太行，面向基层，医工结合，培养应用型生物医学工程人才，服务于各级各类医疗卫生机构”。经过几代师生的共同努力，本系各方面事业得到了快速发展，办学成就显著，社会声誉良好。教学、科研、学生、党群等工作多次荣获校级、省级奖励，注重实践育人，形成创新创业特色。
生物医学工程系现有以下组织机构：
（一）管理组织：分团委、工会、学生会，下设党政综合办公室，主要负责教学、科研、学生、党群等日常工作；
（二）教学组织：4个教研室：工程技术教研室、电子技术教研室、信息技术教研室、医学仪器教研室；
（三）辅助教学组织包括：2个基础实验室，3个专业实验室，1个校企合作实验室。共同承担生物医学工程、医学影像学、医学检验等多专业的课程教学与实验任务。
学科建设方面，目前设立三个专业方向：医学物理、康复器械工程、医疗设备管理维护。利用“3+1”特色培养医学物理师、康复工程师、临床工程师。
师资队伍方面，生物医学工程系现有专任教师19人，其中教授1人，副教授7人，副主任技师1人，高级工程师1人，讲师4人，实验师1人，工程师1人，助教3人。教师队伍中具有博士学历学位的1人，硕士学历学位的9人，学士学历学位的7人，有访问学者经历的4人。此外，聘任有十余名校附属医院、国内外医疗机构与公司的实践经验丰富的专家学者和工程技术人员作为兼职教授、讲师，形成了一支结构合理、具有强烈学术氛围、协作精神和创新精神的双师型教学团队。
近年来，生物医学工程教学团队已承担并完成省级科学研究项目1项，省级教学研究项目3项，校级科研项目3项，教改项目5项，专业提升与综合改革项目一项，在各级各类学术期刊以第一作者发表学术论文100余篇；指导省级大学生创新创业项目12项，校级3项。参编各种教育部、教学教材4部，省级教学成果一等奖一项，主办电子技术类相关学术会议1次，相关专利5项。
生物医学工程系注重理论实践结合，创新创业竞赛成果显著，形成育人特色品牌。搭建了多层次的校企合作办学平台，在北京、上海、重庆、深圳、沈阳等地的大型医疗器械企业，三甲医院建立了学生实践实训基地。同时积极推进素质教育，学生社会实践能力和科技创新能力培养成效突出，在全国大学生电子设计竞赛、全国大学生数学建模大赛、全国生物医学电子设计竞赛等科技竞赛活动中屡创佳绩，2009至今，累计获得国家级奖项14项，省级奖项60余项。生物医学工程系先后为社会培养、输送了一大批各级各类的优秀人才，毕业生遍及全国各地的医院放射科、设备科，大型医疗器械公司、研究所，医疗设备政府机构、协会等行业，表现出踏实肯干、动手能力强、综合素质高等特点，受到用人单位的普遍好评。