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学校本科专业涵盖医学、理学、工学、文学、法学、管理学、教育学7个学科门类;建有硕士学位授权一级学科4个,硕士专业学位授权点3个;江西省优势特色学科建设工程一流学科1个(培育),省高校“十二五”重点一级学科2个,省医学领先学科1个。
江西省优势特色学科建设工程一流培育学科(1个):临床医学。
江西省高校“十二五”重点一级学科(2个):临床医学、基础医学。 
硕士学位授权一级学科(4个):临床医学、基础医学、药学、医学技术。
硕士专业学位授权点(3个):临床医学、护理学、公共卫生。 

教学建设
截至2016年10月,学校建有国家特色专业2个,教育部、卫生部卓越医生教育培养计划2项,教育部专业综合改革试点项目1项,国家级大学生校外实践教育基地建设项目1个,省特色专业4个,省卓越医生教育培养计划2项,省卓越工程师教育培养计划1项,省专业综合改革试点项目6项,省高校人才培养模式创新实验区3个,省高校优秀教学团队4个,省高校实验教学示范中心4个,省精品课程15门,省双语教学示范课程3门,省精品资源共享课17门等110项各级各类本科教学工程项目。
国家特色专业(2个):临床医学、麻醉学。
国家教育体制改革试点项目(1个):探索“五年制”乡镇及社区医务人员定向培养模式。
教育部、卫生部卓越医生教育培养计划试点项目(2个):农村订单定向免费医学教育人才培养模式改革、“3+2”三年制专科全科医生培养模式改革的探索。
国家级大学生校外实践教育基地(1个):赣南医学院第一附属医院临床技能综合培训中心。
教育部专业综合改革试点项目(1个):临床医学
江西省高校特色专业(4个):公共事业管理、护理学、预防医学、运动人体科学。
江西省高校教学团队(4个):人体解剖学与组织胚胎学教学团队、第一临床医学院外科学教学团队、药理学教学团队、超声医学教学团队。
江西省本科人才培养模式创新实验区(3个):药学类专业复合应用型人才培养模式创新实验区、临床医学人才培养模式创新实验区、麻醉学专业应用型人才培养创新实验区。
江西省卓越工程师教育培养计划(1个):药学
江西省专业综合改革试点(4个):临床医学、预防医学、麻醉学、护理学.
江西高校实验教学示范中心(3个):医学形态学实验教学中心、临床技能实验教学中心、医学机能学实验教学中心、药学实验教学中心。
江西省高校双语教学示范课程(3门):生物化学、系统解剖学、医学微生物学。
江西省精品资源共享课(17门):预防医学、人体解剖学、超声诊断学、麻醉药理学、病理学、生物化学、医用物理学、流行病学、护理学基础等。
江西省高校精品课程(15门):生理学、生物化学、外科学总论、毛泽东思想与邓小平理论和“三个代表”重要思想概论、药理学、人体解剖学、眼科学、超声诊断学、临床麻醉学、病理学、管理学基础、预防医学、医学微生物学、诊断学、麻醉药理学