学院成立于1984年，原为浙江中医学院基础部，1999年更名为基础医学系，2006年更名为基础医学院，2016年新增设公共卫生学院。学院拥有4个行政科室、2个校级研究所、6个研究所、12个教研室、3个实验教学中心、2个科研实验室和1个中医门诊部。学院目前有教职工138人，具有副高级专业技术职务以上人员59人（其中正高22人、副高37人），具有博士学位人员90人，占65.2%；拥有全国中医药高等学校教学名师1人，国家973项目首席科学家1人，“国家百千万人才工程”2人，享受国务院特殊津贴专家2人，全国名中医1人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人，省特级专家1人，省突出贡献中青年专家1人，省“QR”专家1人，省“151人才工程”重点资助对象2人、第一层次资助对象4人，第三层次资助对象1人，省卫生创新人才2人，省高校中青年学科带头人5人，省高校中青年学科带头人培养对象6人。拥有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科4个，浙江省一流学科1个，浙江省重中之重学科1个，浙江省重点学科1个，浙江省中医药重点学科3个。国家中医药管理局重点研究室1个，国家中医药管理局三级实验室1个，浙江省省级重点实验室1个。省级重点科技创新团队1个，国家中医药管理局协同创新中心1个，浙江省“2011”协同创新中心1个，浙江省中医药科技创新平台1个，浙江省中医药科研重点实验室1个。国家级精品资源共享课2门，国家级精品慕课1门，省级精品资源共享课2门，省级精品慕课1门；国家级教学团队和省级教学团队各1个，学院现有博士生导师17人，硕士生导师43人，拥有中医学博士后流动站，博士点5个，硕士点6个，目前在读中医学博士39名、硕士134名，预防医学专业本科生483名