中央音乐学院指挥系创建于1956年，是中国指挥教学历史最悠久的系，长期以来曾作为中国唯一的指挥系为国家培养了大批响誉中外的优秀指挥家，并为中国指挥学科的开创和发展做出了重大贡献。中央音乐学院指挥系以“成才率最高”闻名于国内音乐教育界，并以管理严格著称，是国内各大音乐团体、音乐界精英的培育之地，学生成绩大都优异。这里曾造就过二十多位音乐总监、首席指挥及知名乐团、歌剧院的领导者，培养出著名指挥家陈佐隍、邵恩、胡咏言、水蓝、王进、吕嘉、俞峰、杨力、李心草、张艺、张弦、杨洋、陈琳、夏小汤等优秀人才，其学生中有9人13次分别获国际指挥比赛大奖；5人7次分别获得国内至今仅有的三届全国指挥比赛的金奖、银奖及铜奖。
　　
　　教学体系
　　指挥系的教学体系在成立之初“兼容并蓄”吸收了前苏联与欧美的教学经验，其后的五十多年的发展中，在历任系主任黄飞立、郑小瑛、徐新、俞峰等教授的领导下，又逐步形成学术学风严谨、师生团结开放、教学代代传承并不断发展、具有鲜明中国特色的先进教学体系。
　　指挥系的教育目标是培养集体音乐表演艺术（歌剧、交响乐、合唱等）领域的指挥家、组织者及领导者。作为音乐领域中的高精尖人材，指挥人材的培养模式非常独特：其主科教学，采取三名教师对一名学生的单独授课方式；围绕指挥学科设置的其它专业课程还有总谱读法、高级视唱练耳、双钢琴交响乐演奏、合唱、乐队训练学、和声、复调、作品分析、配器、现代作品分析等。此外，指挥系在学生思想品德、人格构建方面也有着非常严格的塑造与指导。
　　
　　办学规模
　　指挥系现拥有教师19名，下设两个教研室——指挥教研室与钢琴伴奏教研室。指挥教研室拥有指挥主科教师11名，负责交响乐指挥、歌剧指挥、合唱指挥、民族乐团指挥、总谱读法等课程的教学。钢琴伴奏教研室拥有教师8名，承担指挥主科课程的钢琴伴奏教学任务，并培养双钢琴交响乐演奏（硕士）人才。指挥专业的教育共有四个层次：附中高中、大学本科、硕士研究生教育、博士研究生教育。指挥系自附中至研究生共拥有学生35名左右。
　　
　　专业设置
　　指挥系本科设有2个专业，分别为：指挥以及音响艺术指导，学制均为5年。指挥系硕士研究生设有3个专业，分别为：指挥、总谱读法，以及双钢琴。指挥系博士研究生目前设有1个专业：乐队指挥。
　　
　　优质师资
　　中央音乐学院指挥系自成立以来，师资人才的选拔与任用始终坚持兼容并蓄，不拘一格的原则，囊括每个时期中国最优秀的指挥家在系任教，其中大部分教师曾拥有留学欧美的经验，并具备于国内外指挥比赛中夺得头筹大奖的素质与经验。他们是中国指挥界的精英，每个人都极富创新精神，并拥有极高的人格魅力与热爱学生的优秀素质，在他们的精心培养下许多学生在毕业后担任了国内外交响乐团及歌剧院的艺术总监，成为一颗颗耀眼的指挥新星。事实证明：半个多世纪以来，指挥系的教师们前赴后继、开拓进取，开创出“指挥教学国内领先、世界先进”的新局面。
指挥系老一辈指挥家、教育家有：黄飞立先生、李德伦先生、韩中杰先生、陈贻鑫教授、郑小瑛教授、徐新教授、李华德教授、吴灵芬教授、杨鸿年教授等。指挥系现任主科教师有：俞峰教授、杨鸿年教授、杨力教授、林涛教授、陈琳副教授、夏小汤副教授、沈浩副教授、李心草教授等。
　　
　　现代指挥教学法
　　近几年，在系主任俞峰教授的领导下，指挥系教师在继承优秀传统基础上创立了“现代指挥教学法”，该教学法成为现今指挥系的教学核心。“现代指挥教学法”明确了21项具体指挥法技术和乐队操作方法理论、缩短了学生从教室走向乐队的距离、扫除了由课堂到指挥实践的障碍、节省了乐队教学的投入；指导学生准确而迅速地判断乐队演奏所发生的问题；教会学生从作曲家的角度来理解作品；培养了学生作为职业指挥所必备的人格素质、艺术魅力、组织领导能力以及社会交往能力。“现代指挥教学法”的诞生为未来中国指挥学派的形成奠定了基础。系主任俞峰教授多次受邀美国、澳大利亚、日本等举办指挥大师课，并将在美国指挥年会上讲授。随着它在海外的传播和影响，近几年中央音乐学院指挥系吸引了欧美博士硕士生前来学习，重写了只有中国学生去国外学习指挥的历史。被媒体称为：“揭开了西方人到中国学习贝多芬的序幕”。在它的实施下，指挥系先后有六名学生荣获重大国际比赛两个金奖、一个银奖以及国内比赛第一、二、三名。指挥系教师因此而被多次邀请到美国、澳大利亚、日本讲授现代指挥教学法、被聘到美国著名音乐学院执教。2005年“现代指挥教学法”获得了教育部“国家教学成果”二等奖。
　　
　　　指挥学会
　　2004年，在已故徐新教授的倡导和推动下，指挥系作为全国的指挥学术中心，创立了“中国指挥学会”；创办了学术刊物《指挥家》；建立了中国指挥网；吸纳了国内外几乎所有的专业华人指挥成为会员。学会开办指挥家沙龙、开展了一系列的学术讲座，揭开了华人指挥学界百花齐放、百家争鸣的历史新篇章。指挥系的莘莘学子们在求学之时便已接触到中国最顶级的乐团与指挥大师，获得了最好的学习资源，树立了明确的奋斗目标。指挥系也因此进一步确立了中国指挥学界的核心地位。