据院史记载：1958年创始百色医学专科学校一年之后就建立有体育教学机构。1971年成立体育组，1980年正式成立体育教研室，2007年成立体育部。
一、基本情况：
体育部属于学院二级教学部门。1958年创始百色医学专科学校就建立体育教学机构，1971年成立体育组，1980年正式成立体育教研室，2007年成立体育部。体育部现设有体育部办公室、场地器材办公室、学生科等部门。其中：部办公室下设公共体育教研室、专业体育教研室、综合档案室；场地器材办公室下设场地器材管理教研室、《大学生体质健康》监测室。体育部现有体育运动场地面积共计29317平方米，生均运动场面积5.84平方米；拥有400米塑胶跑道标准田径场1个，标准足球场1个，篮球场10个，排球场5个，室外羽毛球场5个，网球场2个，五人制足球场4个，门球场1个。体育训练中心建筑总面积5125平方米，训练中心内设有篮球场1个，羽毛球场4个，排球场1个，乒乓球训练场地6个，健身场地1个，大学生体质健康测试中心（实验室）1间。 体育部目前主要承担公共体育建设和专业建设。公共体育建设包括有体育必修课、体育选修课教学，学生体质健康测试，课外群众性体育活动，运动队训练与竞赛，体育教学科研等；体育专业建设有新起步的体育保健专业。
二、专业建设
（一）公共体育建设
面对全国各高校体育教学改革的大趋势和体育教学改革的进一步深化，在实施终身体育教育、全面推进素质教育的非常时期，我们发扬自强不息、严谨治教的精神，积极转变教学观念，加强理论学习研究与体制创新，公共体育教学对过去体育教学所存在的诸多问题进行改革、创新开展了体育必修课与体育选修课，构建了一套体育与医学相结合，符合《全国普通高等学校体育课程指导纲要》精神要求，充分体现“健康第一”教育指导思想的新体育课程，在教学中全面执行自主选课制度，制定完善《教学大纲》，编写出版课程教材《大学体育》，建立了公共体育课程学分制。多年来健美操选项课还尝试将“课堂教学、课外活动、群体竞赛、运动训练、健身娱乐”有机地融为一体，构建了健美操俱乐部制的课内外一体化教学模式，取得较好的教学成果，受到学生的欢迎，形成了体育特色教学，2008年在广西高校体育优质课评比中，《健美操课》获二等奖。    
1、体育必修课：为本科一至二年级、专科一年级学生开设课程，本科分四个学期、专科分二学期完成。课程内容有：篮球、足球、排球、武术、健美操。开课原则是在教务处的学籍管理和行政排课的前提下，学生根据自己的兴趣、爱好、素质能力等对设置内容进行选项学习。    
2、体育选修课：为本科二年级以后的学生开设的课程，学满给予一定学分。课程内容有：篮球、足球、排球、武术、体育舞蹈。学生根据自己的兴趣、爱好、素质能力等对以上内容进行选修。
（二）专业体育建设
从2009年起，体育部开设体育保健（体育保健康复方向）专业。这也是广西医学院校中第一所开办本专业的学校。
1、培养目标：本专业培养具有良好的职业道德和创新精神，熟悉掌握一定体育学、基础医学、保健学的基本理论，系统掌握体育保健、体育按摩、运动康复等技术技能，具备从事体育保健与康复、运动医务监督、社区体育指导等工作能力的实用型人才。    
 2、专业定位与特色：针对社会对人才要求及学生就业需求制定培养目标，把医学教育与体育教育有机结合，课程设置突出“精”（精选、实用）、“简”（简单、易学）、“活”（活学活用）， “灵”（灵活调整）的特点，使学生的知识结构合理，具有扎实的基本功，运用能力强，适应市场发展需要。毕业生可在医院、学校、体育协会、运动队、社区康复治疗机构、健身娱乐俱乐部、酒店健身中心、休闲会所、疗养院及政府各事业单位等保健部门从事体育保健、康复治疗及健康指导工作。   
3、主干学科和主要课程    (1)、主干学科：体育学、基础医学、保健学    (2)、主要课程：运动人体解剖生理学、诊断学、中医学基础、理疗学基础、保健按摩疗法、推拿治疗学、整脊学、运动生理学、运动损伤与救护、体育保健学、体育专项等。
三、科研成果
在进一步深化学校体育教学改革的过程中，体育部坚持以体育教学为主体，群众性体育和竞技性体育教学为辅；课堂教学与课（校）外体育活动相结合，以科研促进教学、教学带动科研，取得了一定的成果：2002年至今体育部教师在国内各级学术刊物上共发表教学、运动训练方面论文60余篇；其中，在中文核心期刊上发表15篇；莫冬丽、潘宁敏、庞毓恩、黄桃、岑伦等教师编写出版《大学体育》教材1部；主持和参加教育厅、院级课教学改革题立项研究9项；获院级健美操教学研究成果三等奖1项。
四、运动训练与竞赛     
多年来我们坚持开展普及与提高相结合的运动训练工作，成立有田径、男（女）篮球、男（女）排球、男子足球、健美操、体育舞蹈、武术等8支学院业余运动队，在参加区内外各级比赛取得优异成绩，部分获项情况如下：
五、课外体育活动
长期以来，我们弘扬艰苦创业、自强不息的右医精神，因地制宜地坚持开展多样化、多形式的课外体育活动：从建校至今每年都举办一届全院性的田径运动会和班级两大球比赛（篮球、足球）；2000年起平均每年举办一届健身健美操大赛；另外还有由院系、单项体育协会和健美操俱乐部组织的各种课外体育活动、比赛和裁判等工作。健美操俱乐部课外活动的开展最为丰富多彩、如火如荼，每学年有近1000人次的学生参与健美操俱乐部的组织相关活动。这些活动推动了校园群众体育的开展，丰富了学生的课余文化生活。
六、大学生体质健康测试
长期以来，我院认真贯彻《学校体育工作条例》和《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》的精神，根据学院发展情况制定《学生体质健康标准》细则、《阳光体育运动实施方案》，规定学生在完成体育课程之际，围绕唱响“每天锻炼l小时，健康工作五十年，幸福生活一辈子”的主旋律，以“达标争优、强健体魄”为目标，要求学生每周至少参加三次早操，两次课外锻炼，并将其条例与学生奖学金、评优等挂钩。在分管体育工作的副院长领导下，通过学校学生工作处、学校卫生科等各级部门协同配合，每年一度的《学生体质健康标准》测试工作得以有效实施。统计显示，我院2004-2008年间学生体质健康标准达标率平均为99.2%。学生体质健康测试内容：身高体重，肺活量、台阶（50米）、握力、立定跳远（坐位体前屈）等。     在新的历史时期，面对社会对体育教育的新要求，我们将坚持“以改革求发展，以创新求发展”，在“艰苦创业、自强不息”的精神指导下，抓住机遇，励精图治，把我院的体育工作水平推向一个新的台阶。