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在特种医学学科下设6个研究方向：1. 航空与航天医学；2. 航海与潜水医学；3. 放射与辐射医学；4. 运动医学；5. 职业病学；6. 法医学。
1. 航空与航天医学
航空与航天医学是研究在航空、航天特殊环境下人体所出现的各种医学问题的一门交叉边缘学科。其主要任务是为发展我国航空、航天事业提供相关的医学和（或）生命科学方面的理论和技术保障；培养高素质航空、航天医学事业的专业技术人才；研究航空、航天对人体健康的影响机制，以及相应疾患的预防、诊断和治疗，并提出防护措施，以保障作业人员与乘员在健康、安全、舒适的环境下工作。
航空与航天医学学科主要研究方向有航空航天生理学、航空航天生物动力学、航空航天心理学、航空航天工效学、航空航天临床医学、航空航天卫生学、航空航天医学工程等。
2. 航海与潜水医学
航海医学是研究航海条件下人体各种医学问题的学科，它是医学科学与航海科学相互融合的一门学科，是医学科学在航海条件下的具体应用。航海医学就是研究航海条件下，引起航海从业人员的生理、心理反应和病理变化，以及相关疾病的发生、发展规律、诊断和防护以及治疗措施的学科。
潜水医学主要研究和解决潜水作业过程中人体的各种医学问题，主要研究人体在水下和高压环境中以及潜水作业时的生理反应和病理变化，潜水疾病的防治，潜水作业中的卫生学要求和医学保健技术措施，潜水器具和装备的研制以及医学生理学的鉴定等的评价。
航海与潜水医学学科主要研究方向有航海卫生学、航海流行病学、航海心理学、潜水生理学与医学、潜艇医学、高压生理学与医学等。
3. 放射与辐射医学
放射与辐射医学是一门医学综合学科，与核物理、辐射化学、临床医学等紧密相关。主要研究电离辐射生物效应及机制，辐射对人体损伤的病理机制、诊治及防护。包括人体在接触放射与辐射源或接受医疗照射治疗过程中对职业照射人员和患者等的防护，放射与辐射装置包括发电用压水反应堆的安全与防护，辐射监测、放射性废物的安全管理，职业照射人员的健康管理，核武器袭击的防护等。
随着我国核能事业的发展，特别是核能由国防重点转向和平利用，射线和辐照技术得到广泛应用。从分子、细胞和整体水平研究辐射效应，阐明危害机理，提出有效防护措施是当前放射与辐射医学学科发展的主要内容。
放射与辐射医学学科主要研究方向有放射生物学、生物物理学、辐射血液学、辐射免疫学、辐射遗传学、放射毒理学、辐射剂量学、放射流行病学、放射病临床医学、放射治疗学、辐射防护药和增敏药的药物药理学等。
4. 运动医学
运动医学主要是研究运动和缺乏运动给人体带来的生理学、病理学问题以及与竞技运动有关的医学问题。从医学角度阐明体力活动及静态生活方式对健康的影响以及在各种慢性疾病病因学中的作用，为一些常见疾病的预防、治疗和康复研究提供医学手段，以达到增强体质、促进健康的目的。同时，运用医学知识和技术对竞技运动参加者进行医学监督和指导，防治运动伤病，保障运动参加者的健康，增强体质和提高运动成绩。
运动医学学科的主要研究方向有运动医务监督、运动损伤、运动营养学、医疗体育、运动康复及运动伤病的体育防治等。
5. 职业病学
职业病学是研究特殊劳动环境对职业人群健康的影响和如何改善劳动条件的一门特殊学科。主要研究企业、事业单位和个体经济组织内的职业人群在职业活动中，因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害物质等因素而引起的疾病。其主要任务是识别、评价、预测和控制特殊劳动条件对职业人群健康的影响。
职业病学学科主要研究方向有粉尘与尘肺、物理因素引起的职业病、生物因素引起的职业病、职业中毒、职业性放射性疾病、职业性肿瘤、职业性皮肤病等。
6. 法医学
法医学是应用医学及其他自然科学的理论与方法，研究并解决立法、侦查、审判实践中涉及的医学问题的一门科学。法医学是一门联结医学与法学的应用交叉医学学科，兼具自然科学和社会科学的双重属性。
法医学为制定法律提供科学依据，为侦查、审判提供客观的实验证据。法医学分为基础法医学和应用法医学两部分，前者研究法医学的基本原理、基础理论与技术，后者是运用法医学的理论和方法，解决司法、立法和行政管理上的有关问题，包括受理诸如伤害、死亡、交通事故、亲子鉴定等案件的医学鉴定、医疗纠纷等与法律有关的医学问题，以及脏器移植、现代生殖技术所涉及的法律和社会问题。另外，通过对非正常死亡的尸体检验，有助于发现传染病等疾病、明确中毒和灾害事故的原因，实施有效的防治及行政处理。
法医学学科主要研究方向有法医伦理学、法医病理学、临床法医学、法医物证学、法医血清学、法医人类学、法医牙科学、法医化学、法医放射学、法医毒物学、法医精神病学、法医昆虫学、医学法学等。

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