马克思主义学院是内蒙古医科大学党委直接领导下的，在原思想政治理论教研部基础上成立的具有一定人文社会科学教学与科研基础的二级学院。下设综合办公室（含教科研办公室）及德育教研室、民族理论与民族政策教研室、中国近现代史纲要教研室、马克思主义基本原理教研室、当代马克思主义教研室、形势与政策教研室、人文素质教育教研室、大学语文教研室8个教研室及思想政治理论课实践教学中心。承担着全校本科生、专科生及研究生的38门（包括16门必修课和22门选修课）思想政治理论课和人文素质教育课的教学任务。
学院在学校的正确领导和大力支持下，在全体教职工爱岗敬业的努力工作中，牢固树立“博学、惟真、崇德、育人”的教育教学理念，牢固树立“和谐共进，求实创新”的学院风貌，紧紧抓住加快学院改革发展这一主题，以社会主义核心价值观为指导，以学科建设为龙头，以教学改革为重点，以队伍建设为关键，以课程建设为先导，以科学研究为支撑，从转变精神风貌入手，着力提升人才培养质量，着力提升科研学科水平，着力推进岗位制度改进，努力开创新局面。营造了团结、和谐、奋进、创新的氛围，取得了建设与发展的新成绩，为马克思主义学院今后的发展奠定了重要基础。
学院现有教师41人。教授4人、副教授10人，讲师14人，助教13人，分别占师资总数的9.8%、24.4%、34.1%、31.7%。在学历结构方面，博士学位获得者4人，在读博士1人，硕士32人，硕士以上学历的教师占教师总数的88%；教师中获得全区高校思想政治理论课“精彩一课”优秀课堂教学成果二等奖1人，内蒙古自治区高校“优秀共产党员”1人，内蒙古自治区优秀德育工作者1人，全区高校优秀辅导员1人，全区高校青年教师课堂技能大赛文科组一等奖、二等奖各1人，自治区“五一”劳动奖章、内蒙古自治区青年能手1人，全区大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践活动优秀指导教师1人，校级青年教师教学课堂技艺大赛三等奖及优秀奖10人，全区及校级其他各类奖项数十人次。已逐步形成一个高学历、高素质、多学缘、多层次，以高级职称的教师为骨干、高学历的青年教师为主体、梯队结构合理、研究方向宽广而稳定的、具有综合优势的学术群体。
学院近五年共发表省级期刊以上论文140余篇，其中核心期刊论文30余篇；主编、参编教材10多部；独撰和参撰著作20部；参与教育部人文社会科学规划课题1项，主持内蒙古教育厅十一五规划课题9项，主持内蒙古自治区高校马克思主义中国化重点研究基地项目1项，主持内蒙古教育厅高校人文社科研究课题5项，主持内蒙古教育厅思政专项研究课题5项，主持内蒙古社科联研究课题1项，主持校级重大课题2项、青年课题3项、校级教改课题8项、思政类专项近30项，等等；荣获自治区政府哲学社会科学优秀成果政府奖4项，其他各级各类科研奖项10余项。
学院坚持“一个关键”、“两条主线”，努力实现“三个加强”、“四个转变”的发展思路，不断深化教学改革力度，在教学科研方面实现了跨越式的发展。“思想道德修养与法律基础”、“民族理论与民族政策”、“中国近现史纲要”、“马克思主义基本原理”、“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”、“大学语文”、“中国传统文化”7门课程被评为校级精品课。已初步形成了以思政课建设为核心，以人文素质课、人文社会科学系列讲座为有机组成部分的“大思政课”格局。在以教学为中心的同时，注意教学科研并重，根据不同的研究方向，成立以教研室为基础的科研课题组，形成相对稳定的科研团队，提供专题式教学、辩论式教学、学导式教学、问题式教学和案例式教学以相应的科研支撑，从而形成教学促进科研，科研提升教学的良性互动局面。
马克思主义学院的成立，为我校马克思主义理论学科的发展带来了新的机遇。马克思主义学院将克服困难，着眼未来，顶层设计，以打造高水平思政课教师队伍为关键，以提高思想政治理论课教学质量为中心，以申报马克思主义理论一级硕士点建设为龙头，以提升科研层次和能力为着力点，以科学规范的管理为保障，以宽松和谐的人际关系与学术环境为条件，以公平有序的竞争机制为手段，经过5-10年的努力，把马克思主义学院建设成为在自治区本科院校中具有一定影响力的特色鲜明的教学研究性学院。