本学科源于1981年成立的南京农业大学农业环保研究室，是我国农林类高校中最早设立的环境类学科之一，1993年设立环境工程（农业环境保护）硕士点，2000年设立环境科学硕士点，2006年设立环境科学与工程一级学科硕士点，并经国务院学位委员会批准自主设置环境污染控制工程博士学位授权点。2013年在江苏省硕士学位授权一级学位授权点评估中获得“优秀”。
►固体废物处理与资源化
主要研究城镇和工业污泥以及畜禽粪污、餐厨垃圾等有机固体废物的微生物处理与资源化技术，为有机废弃物的高效安全利用提供理论基础与技术支撑。
►水和废水处理
研究高盐、有毒难降解工业废水和高COD、高SS、高氨氮废水的微生物处理技术，含重金属的酸性矿山废水、含砷地下水的处理技术，微污染水的人工湿地等生态修复技术以及自来水消毒附产物的消减技术等。
►农田和场地土壤污染控制与修复
研究有毒有机污染物和有毒重金属在土壤中转化、植物吸收与调控规律以及场地修复技术，保障农产品产地、产品质量及城市用地安全。
►环境评级规划与管理
重点开展环境规划、生态功能区划、环境评估、环境监测与评价的基本原理与方法和有机农业认证、管理与建设等研究。