本学科于2001年在南京农业大学原作物生态研究室、昆虫生态研究室、农田生态研究室的基础上组建，2011年被批准为一级学科博士学位授权点，是江苏省一级重点学科。
►微生物生态学
研究土壤生物与环境之间的关系、土壤食物网结构及功能性过程，结合生态学理论和管理措施，揭示对自然因素和人类干扰下土壤生态系统的功能特征及调控机制，提出促进绿色农业的土壤生态工程管理措施。
►修复生态学
开展畜禽粪便、秸秆、绿肥等农林有机废弃物在化肥减施、耕地地力提升、污染物环境行为与生态风险评估等方面的应用研究，构建环境友好型污染土壤原位强化微生物长效降解修复技术体系。
►生态系统生态学
研究全球变化背景下陆地生态系统的碳、氮、磷等元素循环、植物-微生物互作以及生物入侵等生态学问题，探索减缓全球变化、保护生物多样性与维持生态系统服务功能的对策和生态工程措施。
►海岸带生态学
以沿海滩涂、近海海域海洋生物与环境为主要研究对象，重点研究华东等地区海岸带自然资源分布特征、滩涂资源开发利用生态农业模式与湿地生态保护修复策略。