水产学科目前形成了六个具有特色和优势的研究方向。（1）水产养殖学：主要开展海西特色和优势水产种类的良种选育、种苗培育和健康养殖技术等方面的研究，在坛紫菜、大黄鱼、鳗鲡和鲍等水产品种的高效健康养殖和种苗繁育等方面的研究处于国内先进水平。（2）水产生物遗传与育种学：主要开展海西重要水产养殖动植物的遗传改良和性别控制技术及相关的遗传学基础研究，在海水鱼虾贝藻特别是大黄鱼、黄姑鱼、坛紫菜的遗传改良技术和成果居国内领先水平。（3）水产基础生物学：主要开展水产经济动植物的功能基因组学、蛋白质组学和水产生物技术等方面的基础研究，在拟穴青蟹、大黄鱼和杂色鲍等水产动物的发育、变态、生殖调控和抗逆等的分子机制研究，取得了一系列重要的科研成果。（4）水产生物医学：主要开展海西水产养殖品种的病害基础理论研究和防治技术开发，在水产动物体液免疫、细胞免疫和分子免疫等领域研究成果显著。（5）水产动物营养与饲料学：主要开展水产动物营养生理学研究和高效水产饲料的开发，在大黄鱼、石斑鱼、花鲈和对虾营养研究以及高效环保配合饲料研发方面具有特色。（6）渔业资源学：主要开展渔业资源调查与评估、海洋环境监测与评价以及种群分子生态学研究，在渔业主要利用对象的生物学特性及其与生态环境因子的相互依存关系，生物多样性保护以及渔业资源的可持续利用等方面取得了丰硕成果。
一、培养目标与要求
培养适应新世纪我国社会主义现代化建设需要的，德、智、体全面发展的，具有创新精神和实践能力的教学、科研和技术推广的水产养殖和渔业生产的高级专门人才， 具体要求如下：
1、掌握马列主义的基本原理，坚持党的基本路线，热爱祖国，遵纪守法，具有良好的道德修养，具有正确的人生观和价值观；作风正派，具有严谨的治学态度和为科学献身的精神，积极为社会主义现代化建设服务。
2、在水产方面掌握坚实的基础理论、系统的专门知识和必要的实践技能，熟悉所从事研究领域的发展动态；能较熟练地掌握和运用一门外国语, 能熟练地阅读本专业的中外文书刊，具有一定的中英文写作能力和进行国际、国内学术交流的能力；具有较强的思维能力、创新能力；具有较强的计算机应用能力；具有从事本学科领域内的科学研究和独立担负专门技术工作或教学工作的能力。
3、具有良好的心理素质，身体健康。
二、培养主要内容
（一）培养方式
1、指导方式：采取导师负责与导师组集体培养相结合的方式，要充分发挥导师的指导作用和研究生个人的特长与才能，注重研究生自己获取知识能力的培养。
2、培养计划的制定：研究生入学后一个月内，导师应根据培养方案和课程设置的要求，结合研究方向的需要，与导师组的教师共同研究制定硕士研究生的个人培养计划。培养计划一式四份，三份分别由研究生处、学院和指导教师存档，一份研究生自留。
（二）课程设置与要求
为使硕士研究生具有水产养殖学专业坚实的基础理论、系统的专业知识和较熟练的实验操作技能，必须学好学位课程，并根据研究方向需要和研究生基础条件选读几门选修课程。课程学习方式，可采取课堂讲授、专题报告和讨论，或导师指导下的自学，阅读指定的书刊等方式，培养研究生独立获取知识，独立思考、分析和解决问题的能力。无论何种方式，研究生都必须通过考试（或考查），平时成绩应占30％以上，成绩合格者（学位课程成绩 70分以上，选修课程60分以上），方可获得学分。
本专业硕士研究生的学习年限一般为三年，第一学年主要进行课程学习，后两个学年主要进行学位课题研究、实践和学位论文撰写。但整个学习年限不得超过五年。研究生应在规定的学习期限内完成培养计划要求的课程学习、专业教学实践和学位论文工作。个别因培养条件或特殊情况，不能完成培养计划要求者，必须按规定提出延长时间的书面报告，经学院审核，报学校主管部门批准后，可适当延长学习时间三至六个月。对少数学业优秀、研究工作突出的硕士研究生，在完成培养计划要求的前提下，可适当缩短学习年限。
本专业实行学分制，其中公共必修课6学分，专业课不低于8学分，学术活动1学分，实践环节1学分，总学分要求不低于24学分。具体实施办法按《集美大学研究生教学管理规定》执行。（三）其他培养环节
1、实践活动
本专业实践活动包括教学、科研和社会实践。依专业方向必要时可安排一定生产实践。教学实践从第二学年开始，包括专业课部分的课堂讲授、实验课指导、批改作业、辅导答疑、协助指导本科生论文等任务。实践教育环节合格记1学分。已有一年以上大学教学实践或二年以上工作经历的研究生可免修，仍计1学分。
  2、学术活动
学术活动包括Ⅰ类：在国内外专业学术会议上作学术报告，或在国际专业学术会议上展示墙报，全文或摘要被会议论文集收录。Ⅱ类：在校（院）级及以上学术报告会上作学术报告。III 类：参加专家学术讲座、国内外专业学术会议；参加以学校、学院或科研团队为单位组织的研究生学术研讨活动。学术活动以次作为计数单位，不得重复计数。学术学位硕士生在学期间至少参加Ⅱ类及以上学术活动1次，Ⅲ类学术活动10次。完成并合格，记1学分。
学术活动的规定参见《集美大学关于研究生参加学术活动的规定》。
3、开题报告
硕士研究生在进入论文工作之前，必须经过认真的调查研究，查阅一定量的文献资料（文献阅读篇数由导师规定），了解本人主攻研究方向的历史和前沿进展。在此基础上，确定自己的学位论文研究题目，并经导师审核同意。硕士生一般应在第三学期内完成论文的选题工作，提交学位论文计划，并向所在学院的指导小组作开题报告，经讨论认为选题合适及计划切实可行者，方能正式开展论文工作。
4、中期考核
在第三学期进行，由院党政负责人、导师组成员和研究生秘书组成考核小组，考核研究生入学以来的政治思想、课程学习、论文选题及进展情况，合格者进入论文研究阶段。考核工作按照《集美大学硕士研究生中期考核暂行规定》执行。
（四）论文工作
  1、学位论文
从事科研工作并撰写研究论文，是保障研究生培养质量的重要环节。硕士论文的选题应具有一定的理论创新和应用前景。硕士生一般在第三学期内完成论文的选题工作，最迟于第四学期的第一个月提交学位论文计划，并填写《学位论文开题报告申请表》，向所在研究生培养小组作开题报告。
研究工作实施期间，研究生要按照开题报告的设计，在导师指导下科学严谨地进行每个内容的实验。论文研究工作完成后，导师应对研究生撰写的学位论文仔细审阅，认真修改，经导师和指导小组认定合格后，按有关规定申请论文答辩。硕士学位论文一般不少于 3万字。
 2、中期报告
   硕士学位论文中期报告要求在入学第五学期中期前完成。研究生填写《硕士研究生学位论文中期报告登记表》，并作中期报告。所在研究生培养小组成立中期报告检查小组，根据硕士研究生论文中期进展情况进行考核评定。
3、发表论文要求
研究生应在导师指导下，积极参与导师的科研活动，毕业之前学术型硕士申请人应在核心期刊或本科高校学报发表或录用1篇及以上学术论文,或被国内外论文检索源（包括SCI，EI，ISTP，SSCI，A&HCI，ISSHP、CSSCI、CSCD等）检索。申请人的学术论文第一署名单位应为集美大学，申请人为第一作者或其导师为第一作者申请人为第二作者(每篇论文只能使用一次)。核心期刊目录以论文被接收时北京大学图书馆公布的最新《中国核心期刊要目总览》为准。
（五）毕业与学位授予要求
硕士学位论文答辩前，学位论文一般应在答辩前1个月完成，每篇硕士学位论文送3位校外本学科领域具有高级职称的同行专家评阅。学位论文答辩委员会由3至5位具有高级专业技术职务或具有硕士研究生导师资格的专家组成，其中硕士研究生导师占半数以上，且至少有1名为校外专家。答辩委员会设主席1人，主席由具有硕士研究生导师资格的专家担任。导师可以列席答辩会，但不担任主席或委员。论文答辩委员会根据答辩的情况，就是否授予硕士学位作出决议。决议采取不记名投票方式，按百分制打分，并就是否通过论文答辩和建议授予学位进行表决，经全体委员三分之二以上同意，方能通过。决议经论文答辩委员会主席签字后，报送学位评定委员会，经校学位评定委员会作出授予学位的决定后，可获得硕士学位。硕士学位论文答辩不合格的，经论文答辩委员会同意，可在一年内修改论文，重新答辩一次。
学位论文答辩工作参见《集美大学硕士学位和博士学位授予实施细则》。