学校拥有文、史、哲、理、工、农、医、经、管、法、教、艺等十二大学科门类，现有本科专业70个，其中国家级特色专业3个，国家本科专业综合改革试点专业2个，国家“卓越医生教育培养计划”专业1个，省级特色专业８个，省级重点专业8个；现有一级学科硕士点14个，专业硕士点1个；有省级优势特色重点学科1个，省级重点学科5个；国家级实验教学示范中心1个，省部级重点研究基地14个，省级重点实验室4个，省级实践教学示范中心6个，省级优秀实习基地11个，国家大学生校外实践教育基地2个，省级产学研合作示范基地3个。《吉首大学学报（社会科学版）》为“全国中文核心期刊”、“全国高校百强社科期刊”，《吉首大学学报（自然科学版）》为“全国高校特色科技期刊”。学校还是湖南省唯一的“少数民族预科教育基地”。
　　学校面向全国31个省（市）、自治区及港澳地区招生。现有各类在籍学生3万余人，其中全日制本专科生18000余人，硕士研究生700余人，土家、苗、侗、白、藏、回、维吾尔、蒙、哈萨克、壮等42个少数民族学生在我校学习，少数民族学生占在校生的30%以上。学校有留学生招生资格，留学生和交换生来自韩国、乌克兰、美国、埃及等国。此外，吉首大学张家界学院（三本独立学院）有全日制本科生7000余人。
　　办学50多年来，学校共培养各类高级专门人才110000余名。学校以“人文精神、科学素养、创新能力、国际视野、务实作风”为培养目标，着力开展以“课程引导、环境熏陶、实践历练、自我塑造”为体系的“立人”素质教育。近3年来，学生参加各类竞赛共获国家级奖项80余项，省部级奖项430余项。毕业生秉承“以人名校、以业报国”的校训，践行“凤飞千仞，薪传八方”的办学精神，以“下得去、留得住、用得上、干得好”的过硬作风，深受社会和用人单位欢迎。近5年来，毕业生就业率均保持在93％以上。

十一五期间，学校承担各级各类科研课题800余项。2012年获得国家自然科学基金课题24项、国家社会科学基金课题19项。另外获国家级教学成果奖3项，省级教学成果奖16项，省部级科技成果奖25项。
　　学校的社会科学研究以区域经济、民族文化、民族历史为重点，其中民族历史文化、民族语言、沈从文研究、文化创意产业、旅游经济等研究成果已在国内外产生较大影响，多项成果被各级地方政府决策所采纳。自然科学研究以自然资源开发、利用与保护为重点，取得了一批经济和社会效益显著的成果。学校努力做好产学研工作，积极服务地方经济社会发展。提出了“三带理论”，研究开发了美味猕猴桃“米良一号”、杜仲、葛根、椪柑醋、矿产品与金属材料加工等一系列科研成果，孵化出一批本土企业，产生了较好的经济与社会效益。其中具有自主知识产权的美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。从猕猴桃中提取的“果王素”经国内专家鉴定“达到国内领先水平，填补国际空白”，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近30万农民摆脱贫困。
　　学校重视对外交流，先后与美国、英国、韩国、乌克兰、日本及香港、台湾20余所高校开展了合作交流。学校部分师生多次出国访学、交换学习，少数民族艺术团曾应邀赴美国、香港等地演出，影响广泛。
　　学校先后获得“全国民族团结进步模范集体”、“全国精神文明建设先进单位”、“全国模范职工之家”、“全国绿化模范单位”、“全国高校后勤工作先进集体”、“湖南省文明单位”、“湖南省高校毕业生就业工作先进单位”等荣誉称号。
　　党和国家领导人朱镕基、曾庆红、尉健行、贾庆林、刘云山、曾培炎、陈至立、杨汝岱、罗豪才等以及教育部、湖南省委省政府领导多次来我校视察指导工作。原国务院总理朱镕基高度称赞“吉首大学是湖南的骄傲”，原国家副主席曾庆红肯定“吉首大学具有特殊价值”，原全国政协主席贾庆林在视察学校时高兴地说“看到了吉首大学，就看到了武陵山区脱贫致富的希望”。
　　学校《吉首大学中长期改革发展规划纲要（2011—2020）》，提出了“立足大湘西，辐射大边区，服务“富民强省”，将吉首大学建设成为有特色、高水平的教学研究型地方综合性大学”这一战略目标，学校将努力实现转型发展、科学发展和快速发展，建设教学研究型大学，积极在服务国家战略层面的“武陵山片区区域发展与扶贫攻坚”战略和湖南省委、省政府“富民强省”战略，以及新一轮大湘西开发工作中做出新贡献，继续保持在四省市边区高等教育的领先地位，为推动区域经济社会发展发挥更大作用。

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