水文水资源学院前身为1952年建立的华东水利学院水文系；1984年更名为水资源水文系；1995年，学校内部机构调整，水资源水文系和环境科学与工程学院合并，成立水文水资源及环境学院；2002年，调整为水资源环境学院；2007年更名为水文水资源学院。
1952年著名水文学家刘光文教授等创建新中国第一个水文系，1954年，创建我国第一个陆地水文本科专业，并于1955年开始招收研究生，是我国第一批培养研究生的学科点。1981年首批获得学士、硕士和博士学位授予权。1988年水文学及水资源学科被评为国家重点学科（该学科全国唯一），之后2002和2007年连续两次又被评为国家重点学科。1993年建成水资源开发利用国家专业实验室，2001年，获批设立水资源开发教育部重点实验室，2004年获批为水文水资源与水利工程科学国家重点实验室。2005年获批建设水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心。1996、2002和2008年水文学及水资源学科分别列入“九五”、“十五”和“十一五”国家“211工程”重点学科建设项目。2008年水文学及水资源学科创新引智基地入选教育部、国家外国专家局“高校学校学科创新引智计划”(111计划)。2008年经教育部、财政部批准建设“全球水循环与国家水安全”优势学科创新平台（俗称“小985”）。
学院现设有水文与水资源工程系、水务工程系和城市资源环境系；水文预报研究所、工程水文及水文气象研究所、水资源研究所、水文水利自动化研究所、城市水务工程研究所、水生态环境研究所、干旱研究所、中德水资源研究所；全球变化与水循环研究中心、平原河流与湖泊水文研究中心；河海大学水问题研究所和国际河流研究所；水资源环境实验中心。1997年，联合国教科文组织通过专门议案，在我校设立UNESCO国际水文水资源及环境培训与研究中心。学院现有教职工104人，教授34名，博士生导师28名，副高30名,享受国务院政府特殊津贴专家4名，新世纪“百千万工程”国家级人选1名，双聘院士5名。
学院拥有水利学科博士后流动站；三个博士学位授权点：水文学及水资源、城市水务、生态水利学；五个硕士学位授权点：水文学及水资源、城市水务、生态水利学、自然地理学和人文地理学，并招收水利工程硕士学位研究生；设有水文与水资源工程、水务工程、自然地理与资源环境三个本科专业。60多年来，已培养本、专科毕业生近10000名，研究生2000多名；获得 全国优秀博士论文和论文提名各1篇，国家级教学成果奖1项，国家精品课程2门，国家双语教学示范课程2门，中国大学精品视频公开课1门，国家级教学团队1支，国家首批特色专业1个，国家级水利学科专业、水利工程实验教学示范中心各1个。2000年以来主持与承担1200余项包括国家“973”课题、“863”课题、国家自然科学基金重大、重点项目、国家科技攻关和直接服务于国民经济建设的科研项目，经费总额4.1亿元，发表论文3500余篇，出版专著和教材60多部，获部省级以上科技奖60余项，其中国家科技奖6项，参与国际学术交流500多人次，拥有教育部长江学者创新团队。
多年来，学院一直秉承“继承与发展”的方针，注重学术积累，已逐步形成覆盖水文、水资源、水环境及3S技术应用领域的比较稳定的研究方向，有一支理论基础深厚、实践经验丰富的老、中、青相结合的学术带头人和学术骨干队伍，有全国较齐全的水文图书资料和先进的实验研究设施，并与国内外水文水资源领域著名的学术机构建立了良好的合作关系。学院紧密跟踪与引导学科发展趋势，积极参与解决国民经济建设中的重大水文水资源及环境问题，总体上居国际先进水平。

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