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控制理论与控制工程学科1997年获硕士学位授予权，2003年被批准为北京市重点建设学科。本学科现有硕士生导师 7人，其中教授有3人（其中2人为重点大学兼职博士导师），北京市创新拔尖人才2人，北京市教学名师2人，副教授4人。另外，一些副教授和具有博士学位的年轻教师也参加了学科相关工作。
控制理论与控制工程学科是控制科学与工程一级学科的基础学科，具有重要的地位。该学科主要研究控制科学与工程领域中的控制理论和控制方法，目前在非线性系统控制、鲁棒控制、随机控制、自适应控制等前沿领域形成许多研究热点，是一个具有很强生命力的的学科。同时该学科密切结合工程领域的控制问题，提出解决方案，具有一般及普遍的意义。
本学科设有3个研究方向：复杂非线性系统控制与鲁棒控制；现代运动控制系统；复杂系统建模与预测控制。
非线性系统控制的研究方向，以电弧炉这样一个具有非线性、随机性、三相耦和的典型工程对象进行研究，提出相应的控制方法。在鲁棒自适应控制控制方面，近年来以具有耦合非线性特性的多电机系统的鲁棒自适应控制为背景，提出了一些有新意的研究方法，该方向近年来承担国家自然科学基金2项，北京市自然科学基金3项，教育部重点项目1项，其他项目多项，取得了一些研究成果，发表了100余篇论文，其中EI检索50余篇，编写专著3部。
现代运动控制系统方向，以非线性系统无源控制理论为基础，电力电子系统的无源控制为背景，针对各类运动控制系统，提出先进的控制方法，跟踪国际前沿的发展,取得一批成果。该方向近年来承担国家自然科学基金项目1项，北京市教委科技项目多项，发表一批高水平论文，出版专著4部。
复杂系统建模与预测控制方向，以大型机电设备、石油化工设备故障检测、故障预测及控制为背景，提出基于数据驱动的故障检测、建模及预测控制方法。该方向经年来承担国家自然科学基金项目1项，北京市自然科学基金项目1项，发表一批论文，取得较多成果。