农药学系前身是原植物保护系的植物化学保护教研室，成立于1980年，1983年开始为植物保护本科专业开设植物化学保护等课程，2004年成立农药学系，目前，设有农药学硕士学位授权点。20多年来，在老一辈农药学家薛绍瑄、沈慧敏等教授和新一代教师的共同努力下，学科队伍不断发展壮大，已形成了一支结构合理，研究方向稳定的学科梯队。
本系现有专业教师和实验技术人员共4人，其中教授1人，副教授3人；具博士学位3人。2002年获得农业部新农药登记田间药效试验单位认证资格。为植物保护、森林保护专业本科生开设《植物化学保护学》、《林木化学保护学》、《农药生物测定》、《农药残留量分析》、《农田杂草与鼠害防治》、《植保生物技术概论》、《农药应用学》、《植物化学保护实验》、《林木化学保护实验》、《植物化学保护实习》、《林木化学保护实习》等课程及综合性实践教学；为研究生开设《农药学原理》、《农药毒理学》、《农药生物测定》、《植物保护研究进展》、《农药加工与应用》、《杀虫药剂的分子毒理学》、《农药生物测定》、《杂草防除》、《农药分析与残留分析》、《农药学》、《害虫抗药性分子机理》、《农药学专题》、《农产品安全生产技术与应用》、《农化产品高效利用与管理》、《农业生物安全》等课程。
农药学科是植物保护学科下设的二级学科之一。主要研究内容包括杀虫剂、杀菌剂、杀螨剂、杀线虫剂、除草剂、杀鼠剂及植物生长调节剂等农药的创制和应用技术，以及与之相关的农药开发与加工、农药作用机理、农药经营与管理、农药抗药性、农药合成与分析、农药残留与环境毒理等理论与技术。
1990年以来，先后承担省部级科研项目及国家自然基金等30余项，企业委托项目4项，其中《二点叶螨在果树上严重发生与农药品种更替之关系初探》、《西部旱作农业区适用型微生物生防制剂的合成与应用》、《切花百合有害生物控制技术的开发与应用》、《切花百合种产化关球国键技术研究与产业化开发》等项目分别获甘肃省科技进步二等、三等奖和甘肃省农业技术推广二等奖；《植物植物化学保护学科教学理论与实践》等3项获省级和校级教学成果奖，《植物化学保护》课程被评为2006年度省级精品课程。2003年以来，承担农业部下达的新农药田间药效试验；获得发明专利10个，制定地方标准3项。同时，在《Systematic and applied acarology society》、《Journal of integrative agriculture》、《植物保护学报》、《菌物学报》《昆虫学报》、《中国农业科学》、《草业学报》、《应用生态学报》、《农药》、《植物病理学报》、《中国生物防治》、《植物营养与肥料学报》、《植物保护》、《中国农学通报》等重要期刊上发表研究论文100多篇，主编、副主编、参编教材和专著10余部，目前在研项目10项。
主要研究方向有：农药毒理与有害生物抗药性，农药加工与应用技术，生物农药开发与应用，农药合成与分析，植物病毒病的化学防治与化学诱导植物抗病性研究。