复旦大学软件学院依托复旦大学深厚的学术底蕴和充沛的办学资源，以建设一流学科为目标，大力开展高水平科学研究，坚持走产学研相结合道路，以科研进展带动教学，把握行业和学科发展的最新动向，并把创新科研成果充实到教学实践，建立起创新型教师队伍，培养了一支具有创新意识和实际研发能力的学生队伍。学院以互联网和物联网时代的需要为特征，推进学科建设。近年来取得许多进展：多人多次在顶尖国际学术会议上发表论文；人均科研经费持续多年保持在50万元以上；作为首席科学家主持的国家973青年科学家专项喜获科技部立项；培养的博士生获得全国百篇优博，参与军方组建密码协同创新中心建设；先后有青年教师获得“上海IT青年十大新锐”和“上海市浦江学者”等称号。学院在学科建设和布局上，突出强调以互联网和物联网时代的需要为特征，着力构建从底层软件到应用层乃至商务应用模式的完整的纵向研究体系，并以人才培养、学术研究、产业推进为一体的方式展开。学院设有并行处理研究所、软件工程实验室、电子商务研究中心、交互式图形学实验室、密码与信息安全研究室、数据分析与安全实验室、公共绩效与信息化研究中心和系统软件与安全实验室等研究机构。近年来承担了国家973，863，核高基科技重大专项、国家自然科学基金和省部级科研项目三十多项。在计算学科领域的系列顶级国际会议上发表了多篇有影响力的学术论文，承办了在相关领域中有较大影响的国际会。各实验室通过具有创新技术的研发，获得专利多个，在系统软件、软件工程、互动媒体、信息系统、密码学与信息安全等研究领域颇有建树，并在国内外具有相当的学术影响力。
计算机软件与理论专业和软件工程专业学位均包括密码与信息安全、网络与多媒体、系统软件、电子商务与电子政务、软件工程5个专业方向。
学院现设有并行处理研究所、软件工程实验室、电子商务研究中心、交互式图形学实验室、密码与信息安全实验室、公共绩效与信息化研究中心、数据分析与安全实验室、系统软件与安全实验室和金融IT人才标准研究中心等研究机构。
软件工程实验室由赵文耘教授领衔，是教育部软件科学与技术网上合作研究中心的成员单位，主要从事软件工程方法、理论、工具与开发环境等方面的研究和实践工作，实验室累计获得国家级科研奖励两项，省部级科研奖励十余项。目前主要关注于互联网时代软件开发、运行和维护的新方法和新技术。近年来，实验室在ICSM、RE、ICSR、WWW、WCRE等国际会议以及IST、JSS、JCST等国内外期刊上发表了一系列研究论文，并获ICSM 2011唯一的最佳论文奖。
电子商务研究中心是电子商务交易技术国家工程实验室与中国电子商务可信交易服务中心的重要依托机构。研究聚焦于“人本电子商务模式与支撑技术”，率先提出并研制的创新成果包括新概念“人本电子商务”、云浏览器“CloudExplorer”、下一代电子商务模式“I2I”、数字灵魂“Cyber-A”、交互式隐私机制“InterSec”、 电子商务诚信模型、基于“互联网信息对象”与“数字灵魂模型”的“人本搜索”，以及云私塾、彩云天使、可信云、私媒体等创新应用。在国际期刊和会议上发表了多篇科研论文，制定技术标准3项，取得发明专利3项、软件著作权3项。 主持国家科技支撑计划重点课题、国家自然科学基金、工信部电子发展基金以及国际合作项目等，参与国家863 RFID专项和农业物联网项目。
交互式图形学实验室主要研究立体影像生成、投影显示、人机交互和视觉感知的基础理论和算法，形成自有核心技术和系统，主导/参与设计主题乐园、展览展示、互联网娱乐、演绎表演等垂直行业的数字媒体项目，涵盖从主题创意、总体规划、概念设计、结构设计、媒体制作和工程实施全过程。实验室研制成功的媒体展示系统成功应用于2010年上海世博会世博会博物馆、西藏馆等多个展示项目。交互式仿真系统将应用于CRH2新一代高速列车仿真和型号飞机前轮转弯仿真系统。在IEEE Trans. TVCG，JCAVW等国际一流期刊和IEEE ICIP、IEEE ICME等国际主流会议发表论文十余篇。获得国家863项目，国家自然科学基金、微软亚洲研究院和行业知名企业经费支持，该实验室毕业的一个研究生先后收到了麻省理工学院(MIT)、斯坦福大学(Stanford)、卡耐基－梅隆大学(CMU)等三所全球计算机领域顶级高校攻读博士学位的录取通知书。
并行处理研究所主要从事系统软件、体系结构和编译优化等方向的研究。近年来，已连续在SOSP、ISCA、Micro、DAC、PACT和PPoPP等国际顶级或重要会议发表论文30余篇，整体研究处于亚洲领先水平。所培养的博士研究生已有3人获计算机学会优秀博士论文，1人获得上海市优秀博士论文和全国优秀博士论文。承担了核高基、科技支撑计划、863和自然科学基金等一批研究课题。
密码与信息安全研究室主要从事密码学、网络安全协议、分布式系统安全方面研究。主持和参与了国家标准局互联网安全技术国家标准《数字签名机制标准》和国家密码管理局《射频识别系统密码应用技术要求》；在零知识相关的密码协议理论与应用，物联网安全以及基于策略的管理方面取得了国际广泛关注的科研进展。在包括欧洲密码会等国际顶级会议和权威期刊上发表论文多篇。在国际上首次提出、定义和实现了针对密钥交换的基于标签的强并发不可锻造安全性新框架和新理论；发明设计出具有完全自主知识产权的用于网络和信息安全的核心密码协议，在效率、安全性、隐私保护方面优于相关美国和国际当前工业标准。提出了量化风险自适应的安全框架，并应用在工作流管理安全和数字身份管理中，为网络化系统的管理提供从语言、机制到中间件的支持。承担了多项国家自然科学基金、973、863、国家密码发展基金、上海市科委重点项目的研究工作。
数据分析与安全实验室于2011年筹备创立，该实验室承担了包括国家核高基、教育部、上海市科委、上海市经信委以及企业合作等多个项目，累计研究经费达2000万元，拥有13项专利，部分成果已进入产业化进程。目前该实验室主要围绕移动互联网数据分析与安全技术开展研究，着重于大数据并行处理与分析、安卓系统安全机制增强和安卓应用软件安全性测评等多个技术领域开展研究工作。
系统软件与安全实验室主要研究系统软件与系统安全。近年来围绕移动智能操作系统安全技术(主要面向安卓系统)开展了大量的研究工作，目前主持承担了国家973重大基础研究计划(青年专项)“移动应用恶意行为检测控制的基础理论与关键技术”，是国内系统安全领域第一个得到973计划支持的项目。已发表高水平学术论文多篇，获得专利数十项。
公共绩效与信息化研究中心专注于公共绩效领域的理论研究、项目实践和信息化建设，致力于政府绩效管理、机关工作绩效管理、人员绩效管理和专项绩效管理等方面的研究和实践，先后承担中纪委监察部、教育部、科技部、国家公务员局、北京市科委等多个省部级及地方政府课题研究项目。协助大量地方政府及机关部门建立了科学、创新绩效管理体系。
金融IT人才标准研究中心成立于2014年，主要从事金融IT人才培养模式、方式、内容、评价标准等方面的研究。中心充分发挥企业、行业、高校及研究机构等资源优势，全方位、多渠道地开展金融IT人才标准的研究交流，提供人才战略服务工作，致力于推动金融与IT复合型中高端人才的培养与成长，进而推动整个金融产业的发展。