空军军医大学军事生物医学工程学系1986年组建，1988年成立医电系，1993年更名为生物医学工程系，2017年更名为军事生物医学工程学系。现有军事医学信息技术教研室、医学电子学教研室、医学电子工程学教研室、军事医学装备与计量学教研室和军事生物医学工程教学实验中心。
作为国内军事生物医学工程研究的创建者，是生物医学工程本科、硕士、博士授权学科和博士后培养点，国家“211工程”、军队“2110工程”和原总后“530工程”重点建设学科，国家双一流学科参建单位。拥有全军医学重点实验室、后勤科研重点实验室和军事生物医学工程研究所，是该领域唯一的军队重点实验室。目前拥有教学科研面积共3100平方米，仪器设备总值近5000万元，为学科发展提供了有力支撑平台。在2018年软科世界一流学科排名中位列全球生物医学工程学科第39名，是我校唯一进入全球前50名的优势学科。
拥有实力雄厚的师资队伍。形成了“领军人才+学术带头人+创新团队”的人才梯队，现有硕士生导师18人、博士生导师7人，教育部高校骨干教师1人，全军优秀教师1人，原总后优秀教师2人，总后优秀教育工作者、军队院校育才金奖2人、银奖15人，陕西省教学名师1人。军队科技领军人才1人、专业技术少将1人、军队杰出专业技术人才奖1人、原总后优秀中青年技术专家2人，军事科技领域青年人才托举工程、省科技新星等7人。军队卫生装备专业委员会主任委员1人、全军医学工程学委员会副主任委员1人，教育部大学计算机课程教指委副主任委员1人。聘请纽约州立大学、英国帝国理工大学等多名知名教授为讲座教授。教员中85%具有博士学位，80%教员有出国学习交流经历。
拥有先进的办学育人理念。通过强化任职能力、提升创新能力，着力为部队和地方培养高素质复合型生物医学工程人才，已培养本科学员近千名，研究生300余名，1人获全军优秀博士学位论文，1人获陕西省优秀博士学位论文。全军三分之二的医学工程与装备学专业委员会委员、全军三分之二的医工科与信息科学科带头人、全军三分之二的卫生装备管理与技术骨干均毕业于本学科，极大推动我军卫生装备保障水平的提升。近年来，先后参加全国电子基础课程教学案例设计大赛、全国大学生生物医学工程创新设计竞赛、中国大学生计算机设计大赛、全军首届军事建模竞赛等国家、军队级竞赛，取得优异成绩。
拥有代表性教学科研成果。拥有国家双语示范课、陕西省精品资源共享课、陕西省教学团队，开设了全国医科院校首门计算机MOOC课程，主编国家、军队级教材50部。先后获军队教学成果二等奖、原总后优秀教学成果奖、陕西省教学成果二等奖和陕西省普通高校优秀教材一等奖，是陕西省人才培养模式创新实验区。近五年，先后承担国家自然重大仪器专项、国家自然重点项目、国家科技支撑计划、全军后勤科研重大项目等国家、军队、省部级课题共116项，总经费超过1.72亿元。在J Bone Miner Res、FASEB J、Biomaterials, IEEE Tans Med Imag等领域顶级期刊发表SCI论文140篇，授权国际和国家发明专利87项，国家医疗器械注册证4项；获国家技术发明二等奖1项，陕西省科学技术一等奖2项。
拥有特色鲜明的研究方向。围绕国家医疗健康和军队卫勤保障需求，形成了四个与军事医学密切相关、原创特色突出的培养方向。1）新型医学电磁成像与监测技术。以伤员伤情快速检测与疾病的实时监护及预警为目标，在国际上率先提出电阻抗图像监护理念并实现技术突破，成功研制国际上首台电阻抗扫描成像乳腺癌检测仪、首台可用于颅脑损伤动态图像监测的电阻抗图像监护仪、首台磁感应阻抗成像装置等，获国家医疗器械注册证，并获陕西省科学技术一等奖1项。2）生物雷达与非接触生命感知技术。针对应急救援、暴恐活动等对人体目标的非接触穿透式探测需求，开展基于雷达波的生理信息非接触检测、目标识别与定位、特征分析与成像等研究。该方向开创了我国生物雷达技术研究并率先突破了远距离、穿墙、穿透废墟和多人体目标的雷达式探测系列关键技术，研制出我国首台雷达式伤员探测仪、首台用于应急救援的超宽谱生命搜寻仪等，在汶川地震等救援中发挥重要作用，已装备国家应急救援力量，获国家技术发明二等奖1项。3）特殊环境生命支持技术。针对高原、高寒、航空、航天等特殊环境生命支持需求，研发系列新型卫勤装备。解决高原用氧保障难题，研制出“便携增氧器/制氧机”、“车载制氧机”、“帐篷弥散富氧装置”等高原抗缺氧系列装备，多次被央视新闻等媒体报道。研制出我国首台“医用膜分离制氧机”，可制备纯度高于99.5%的氧气，是目前唯一符合新国标的医用制氧机，并开展了基于膜法空分技术的制水装备、生物安全防控及洗消新技术等研究，单兵增氧器被军事博物馆永远收藏，获国家科技进步二等奖1项。4）生物医学成像与智能分析技术。开展新型生物医学成像及诊疗一体化技术、影像智能分析技术等研究，在低剂量CT成像、X射线激发光学断层成像和光动力学治疗等研究居于国际先进水平；构建了多种肿瘤的人工智能辅助诊断系统，并基于在神经影像有向连接分析算法上的创新，开展重性抑郁症和创伤后应激障碍等疾病机制及异常检测研究。近五年在Biomaterials, IEEE Trans Med Imag, IEEE Trans Biomed Eng等发表论文40余篇，研制出我国首套放射粒子植入系统、虚拟膀胱镜、可远程医疗的便携ICU集成箱组等，获陕西省科学技术一等奖1项。