中国农业大学马克思主义学院前身是人文与发展学院下属的社会科学部。2009年6月，为进一步加强思想政治理论课教学和马克思主义理论学科建设，学校成立思想政治教育学院，2015年底更名为马克思主义学院，为直属学校领导的二级机构。
学院现有专职教师50人，其中教授7人、副教授20人、讲师23人。设有四个系和两个教研中心，即思想道德教育系、马克思主义原理系、近现代历史系、中国化马克思主义系和研究生教研中心、“形势与政策”课教研中心，承担着全校本科生、硕士研究生和博士研究生的思想政治理论课教学任务，同时为全校学生开设富有特色的文化素质教育公选课程。拥有马克思主义理论一级学科硕士学位授权点，下设思想政治教育、马克思主义基本原理、中国近现代史基本问题研究、马克思主义中国化研究四个方向，现有在读研究生34人。
学院始终坚持社会主义办学方向，坚持以党建为统领，团结带领全院师生深入学习宣传贯彻落实党的十九大精神，牢记使命，锐意进取，推动学院建设与发展迈向新台阶。学院全面贯彻落实习近平新时代中国特色社会主义思想、党的十九大精神、全国高校思想政治工作会议和全国教育大会精神，对标党和国家对高校思想政治理论课建设提出的各项要求，坚持将“因事而化、因时而进、因势而新”作为加强和改进思想政治理论课建设的方法论原则和实践指南，深入推进以问题为导向的思想政治理论课教学改革，聚焦师资攻坚、教学模式攻坚、教法和教学内容攻坚，形成了以问题为导向的“三三制”协同育人的思想政治理论课教学模式，有效提升了提升思想政治教育亲和力、针对性和时代感，思想政治理论课在立德树人中发挥着越来越显著的引领和辐射作用。以问题为导向的“三三制”协同育人思想政治理论课教学模式改革成效显著，先后获批北京高校思想政治理论课教学改革创新重大项目、北京高校思想政治理论课教育教学改革示范点。
学院坚持内培与外引相结合，不断改善师资队伍结构；坚持理论学习与实践研修相结合，不断提高教师教学科研水平，形成了一支理想信念坚定、业务素质过硬的思想政治理论课专兼职教师队伍。先后入选全国高校优秀中青年思想政治理论课教师择优资助计划1人、高校思想政治理论课教师年度影响力人物3人和影响力提名人物1人、北京市“四个一批”人才1人、北京市高校“青年英才计划”1人、北京市思想政治理论课特级教授1人、特级教师3人、中国农业大学教学名师5人。学院坚持科研强院，积极搭建科研平台，着力培育创新团队，科研特色更加鲜明，先后获批国家级、教育部、北京市课题60余项，在CSSCI等期刊发表论文百余篇，出版著作40余部。
新时代以来，学院坚持以培养担当民族复兴大任的时代新人为己任，以优质教学为基础，以学科建设为龙头，以科学研究为动力，努力建成全国一流的马克思主义理论教学、研究、宣传和人才培养的坚强阵地。