生态学科于2001年经教育部批准设置生态学本科专业并招生，同年获得生态学专业硕士学位授予权；2003年获得生态学专业博士学位授予权，同年生态学科被批准为安徽省重点学科；2011年获得生态学一级学科博士学位授予权。本学科在扬子鳄保护研究领域具有很高的国际关注度。研究成果多次在中央电视台科学频道报道。

本学科师资力量强，专任教师中，教授11名、副教授12名、讲师5名。专任教师全部具有博士学位，其中1人获国外博士学位，7人有海外留学经历。拥有讲席教授1名、安徽省学术和技术带头人（1人）及后备人选（2人）共3名。综合素质良好的师资队伍为人才培养奠定了基础条件。
本学科博士学位授权点下设种群与群落生态学、保育生态学、进化生态学、污染生态学等4个研究方向。在轮虫种群生态学及进化生态学、濒危动物的遗传多样性与系统进化关系、鱼类群落生态学及渔业资源保护和利用、水生态毒理学及水环境监测、污染土壤的生态修复与治理以及昆虫群落生态学等研究领域具有明显优势。
生态学作为安徽省重点学科，拥有安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室、安徽省高校生物环境与生态安全重点实验室，拥有安徽省生物标本资源数字化公共服务平台、皖江城市带退化生态系统的恢复与重建省级协同创新中心、安徽师范大学—中国科学院东湖生态站大学生校外实践教育基地。
十二五期间，2个一级学科共主持各类科研项目90余项，累计科研经费2600余万元（不包括各种平台建设经费）；发表SCI(E)收录论文200余篇；获安徽省自然科学奖二等奖、三等奖各1项；1人获得“全国优秀科技工作者”称号；1人获得“全国模范教师”，1人获安徽青年科技奖。1篇生态学博士学位论文获安徽省优秀博士学位论文，是迄今为止安徽省唯一一篇生态学科的省级优博论文。高质量的研究工作，扩大了学科的学术影响，提升了服务能力，为社会做出了重要贡献。